Protein–RNA interactions for Protein: Q8TE12

LMX1A, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1AQ8TE12 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
LMX1AQ8TE12 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
LMX1AQ8TE12 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
LMX1AQ8TE12 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LMX1AQ8TE12 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LMX1AQ8TE12 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
LMX1AQ8TE12 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
LMX1AQ8TE12 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LMX1AQ8TE12 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LMX1AQ8TE12 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LMX1AQ8TE12 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LMX1AQ8TE12 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LMX1AQ8TE12 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LMX1AQ8TE12 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LMX1AQ8TE12 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LMX1AQ8TE12 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
LMX1AQ8TE12 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
LMX1AQ8TE12 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
LMX1AQ8TE12 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LMX1AQ8TE12 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LMX1AQ8TE12 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LMX1AQ8TE12 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LMX1AQ8TE12 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LMX1AQ8TE12 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LMX1AQ8TE12 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LMX1AQ8TE12 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LMX1AQ8TE12 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LMX1AQ8TE12 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LMX1AQ8TE12 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LMX1AQ8TE12 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LMX1AQ8TE12 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LMX1AQ8TE12 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LMX1AQ8TE12 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LMX1AQ8TE12 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LMX1AQ8TE12 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
LMX1AQ8TE12 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.37■■□□□ 1.81
LMX1AQ8TE12 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
LMX1AQ8TE12 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LMX1AQ8TE12 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LMX1AQ8TE12 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
LMX1AQ8TE12 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
LMX1AQ8TE12 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LMX1AQ8TE12 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LMX1AQ8TE12 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
LMX1AQ8TE12 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LMX1AQ8TE12 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LMX1AQ8TE12 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7.2 ms