Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSX1P28360 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
MSX1P28360 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
MSX1P28360 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
MSX1P28360 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
MSX1P28360 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
MSX1P28360 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
MSX1P28360 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
MSX1P28360 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
MSX1P28360 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
MSX1P28360 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
MSX1P28360 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSX1P28360 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSX1P28360 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSX1P28360 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
MSX1P28360 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSX1P28360 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSX1P28360 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSX1P28360 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSX1P28360 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSX1P28360 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
MSX1P28360 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
MSX1P28360 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSX1P28360 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSX1P28360 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
MSX1P28360 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
MSX1P28360 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
MSX1P28360 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSX1P28360 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSX1P28360 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSX1P28360 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
MSX1P28360 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
MSX1P28360 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSX1P28360 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSX1P28360 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSX1P28360 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSX1P28360 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX1P28360 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX1P28360 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX1P28360 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX1P28360 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX1P28360 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX1P28360 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX1P28360 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX1P28360 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX1P28360 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
MSX1P28360 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSX1P28360 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSX1P28360 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSX1P28360 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
MSX1P28360 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSX1P28360 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSX1P28360 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSX1P28360 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSX1P28360 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSX1P28360 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
MSX1P28360 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSX1P28360 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSX1P28360 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSX1P28360 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSX1P28360 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSX1P28360 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
MSX1P28360 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
MSX1P28360 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
MSX1P28360 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSX1P28360 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSX1P28360 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSX1P28360 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSX1P28360 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSX1P28360 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSX1P28360 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
MSX1P28360 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
MSX1P28360 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
MSX1P28360 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
MSX1P28360 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSX1P28360 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSX1P28360 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSX1P28360 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSX1P28360 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSX1P28360 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
MSX1P28360 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSX1P28360 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSX1P28360 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSX1P28360 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSX1P28360 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSX1P28360 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
MSX1P28360 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSX1P28360 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSX1P28360 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSX1P28360 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSX1P28360 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSX1P28360 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSX1P28360 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSX1P28360 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX1P28360 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX1P28360 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX1P28360 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSX1P28360 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
MSX1P28360 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSX1P28360 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.6 ms