Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC31.13■■■□□ 2.57
MSX1P28360 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
MSX1P28360 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
MSX1P28360 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
MSX1P28360 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
MSX1P28360 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
MSX1P28360 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC30.06■■■□□ 2.4
MSX1P28360 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
MSX1P28360 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
MSX1P28360 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
MSX1P28360 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
MSX1P28360 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
MSX1P28360 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
MSX1P28360 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.25
MSX1P28360 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
MSX1P28360 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
MSX1P28360 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
MSX1P28360 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
MSX1P28360 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
MSX1P28360 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
MSX1P28360 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
MSX1P28360 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSX1P28360 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
MSX1P28360 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
MSX1P28360 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
MSX1P28360 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
MSX1P28360 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
MSX1P28360 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
MSX1P28360 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
MSX1P28360 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
MSX1P28360 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
MSX1P28360 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
MSX1P28360 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MSX1P28360 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
MSX1P28360 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
MSX1P28360 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSX1P28360 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
MSX1P28360 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
MSX1P28360 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
MSX1P28360 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
MSX1P28360 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
MSX1P28360 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
MSX1P28360 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
MSX1P28360 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
MSX1P28360 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
MSX1P28360 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
MSX1P28360 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
MSX1P28360 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
MSX1P28360 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
MSX1P28360 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
MSX1P28360 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
MSX1P28360 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
MSX1P28360 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
MSX1P28360 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
MSX1P28360 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
MSX1P28360 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
MSX1P28360 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
MSX1P28360 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
MSX1P28360 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
MSX1P28360 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
MSX1P28360 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
MSX1P28360 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
MSX1P28360 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
MSX1P28360 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
MSX1P28360 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
MSX1P28360 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
MSX1P28360 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
MSX1P28360 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
MSX1P28360 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
MSX1P28360 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
MSX1P28360 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
MSX1P28360 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
MSX1P28360 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC26.88■■□□□ 1.89
MSX1P28360 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
MSX1P28360 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
MSX1P28360 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
MSX1P28360 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
MSX1P28360 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
MSX1P28360 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.88
MSX1P28360 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
MSX1P28360 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC26.73■■□□□ 1.87
MSX1P28360 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
MSX1P28360 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
MSX1P28360 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
MSX1P28360 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
MSX1P28360 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
MSX1P28360 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
MSX1P28360 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
MSX1P28360 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
MSX1P28360 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
MSX1P28360 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
MSX1P28360 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
MSX1P28360 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
MSX1P28360 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
MSX1P28360 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
MSX1P28360 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
MSX1P28360 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC26.45■■□□□ 1.83
MSX1P28360 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
MSX1P28360 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
MSX1P28360 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms