Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
SDC1P18827 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SDC1P18827 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SDC1P18827 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SDC1P18827 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
SDC1P18827 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
SDC1P18827 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SDC1P18827 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SDC1P18827 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SDC1P18827 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SDC1P18827 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SDC1P18827 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SDC1P18827 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
SDC1P18827 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
SDC1P18827 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SDC1P18827 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SDC1P18827 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SDC1P18827 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SDC1P18827 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SDC1P18827 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SDC1P18827 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SDC1P18827 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SDC1P18827 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SDC1P18827 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
SDC1P18827 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SDC1P18827 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SDC1P18827 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SDC1P18827 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SDC1P18827 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SDC1P18827 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SDC1P18827 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SDC1P18827 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SDC1P18827 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
SDC1P18827 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SDC1P18827 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SDC1P18827 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SDC1P18827 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SDC1P18827 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SDC1P18827 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SDC1P18827 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SDC1P18827 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SDC1P18827 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SDC1P18827 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SDC1P18827 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SDC1P18827 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
SDC1P18827 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SDC1P18827 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SDC1P18827 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SDC1P18827 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SDC1P18827 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SDC1P18827 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SDC1P18827 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SDC1P18827 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SDC1P18827 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SDC1P18827 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SDC1P18827 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SDC1P18827 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SDC1P18827 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SDC1P18827 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SDC1P18827 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SDC1P18827 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SDC1P18827 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SDC1P18827 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SDC1P18827 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SDC1P18827 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SDC1P18827 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SDC1P18827 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SDC1P18827 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
SDC1P18827 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SDC1P18827 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SDC1P18827 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SDC1P18827 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SDC1P18827 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SDC1P18827 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SDC1P18827 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SDC1P18827 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SDC1P18827 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SDC1P18827 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
SDC1P18827 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SDC1P18827 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SDC1P18827 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SDC1P18827 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SDC1P18827 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SDC1P18827 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SDC1P18827 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SDC1P18827 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SDC1P18827 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SDC1P18827 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SDC1P18827 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SDC1P18827 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SDC1P18827 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SDC1P18827 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SDC1P18827 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SDC1P18827 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SDC1P18827 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC1P18827 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC1P18827 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC1P18827 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC1P18827 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SDC1P18827 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7.9 ms