Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXA3O43365 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXA3O43365 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXA3O43365 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXA3O43365 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXA3O43365 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXA3O43365 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXA3O43365 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXA3O43365 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXA3O43365 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXA3O43365 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXA3O43365 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXA3O43365 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXA3O43365 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
HOXA3O43365 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXA3O43365 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXA3O43365 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXA3O43365 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXA3O43365 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXA3O43365 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA3O43365 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA3O43365 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXA3O43365 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXA3O43365 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXA3O43365 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXA3O43365 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXA3O43365 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXA3O43365 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXA3O43365 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXA3O43365 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXA3O43365 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXA3O43365 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXA3O43365 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXA3O43365 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 107 ms