Protein–RNA interactions for Protein: P48380

RFX3, Transcription factor RFX3, humanhuman

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX3P48380 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
RFX3P48380 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
RFX3P48380 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
RFX3P48380 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
RFX3P48380 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
RFX3P48380 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
RFX3P48380 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
RFX3P48380 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
RFX3P48380 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
RFX3P48380 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
RFX3P48380 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
RFX3P48380 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
RFX3P48380 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
RFX3P48380 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
RFX3P48380 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
RFX3P48380 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
RFX3P48380 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
RFX3P48380 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
RFX3P48380 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
RFX3P48380 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
RFX3P48380 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
RFX3P48380 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
RFX3P48380 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
RFX3P48380 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
RFX3P48380 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
RFX3P48380 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.71
RFX3P48380 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
RFX3P48380 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
RFX3P48380 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
RFX3P48380 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
RFX3P48380 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
RFX3P48380 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
RFX3P48380 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
RFX3P48380 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
RFX3P48380 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
RFX3P48380 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
RFX3P48380 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
RFX3P48380 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
RFX3P48380 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
RFX3P48380 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
RFX3P48380 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
RFX3P48380 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
RFX3P48380 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
RFX3P48380 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
RFX3P48380 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
RFX3P48380 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
RFX3P48380 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
RFX3P48380 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
RFX3P48380 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
RFX3P48380 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
RFX3P48380 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
RFX3P48380 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
RFX3P48380 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
RFX3P48380 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
RFX3P48380 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
RFX3P48380 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
RFX3P48380 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
RFX3P48380 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
RFX3P48380 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
RFX3P48380 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
RFX3P48380 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
RFX3P48380 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
RFX3P48380 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
RFX3P48380 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RFX3P48380 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
RFX3P48380 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
RFX3P48380 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RFX3P48380 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RFX3P48380 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RFX3P48380 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RFX3P48380 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RFX3P48380 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
RFX3P48380 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RFX3P48380 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RFX3P48380 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RFX3P48380 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RFX3P48380 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RFX3P48380 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RFX3P48380 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
RFX3P48380 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RFX3P48380 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RFX3P48380 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RFX3P48380 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
RFX3P48380 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RFX3P48380 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
RFX3P48380 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
RFX3P48380 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RFX3P48380 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.65
RFX3P48380 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
RFX3P48380 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RFX3P48380 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RFX3P48380 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RFX3P48380 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
RFX3P48380 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RFX3P48380 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
RFX3P48380 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
RFX3P48380 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
RFX3P48380 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
RFX3P48380 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
RFX3P48380 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.1 ms