Protein–RNA interactions for Protein: P16234

PDGFRA, Platelet-derived growth factor receptor alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,089 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDGFRAP16234 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
PDGFRAP16234 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
PDGFRAP16234 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.26
PDGFRAP16234 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
PDGFRAP16234 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
PDGFRAP16234 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
PDGFRAP16234 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC29.18■■■□□ 2.26
PDGFRAP16234 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
PDGFRAP16234 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
PDGFRAP16234 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
PDGFRAP16234 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
PDGFRAP16234 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
PDGFRAP16234 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
PDGFRAP16234 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC29.11■■■□□ 2.25
PDGFRAP16234 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
PDGFRAP16234 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
PDGFRAP16234 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
PDGFRAP16234 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
PDGFRAP16234 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
PDGFRAP16234 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
PDGFRAP16234 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC29.06■■■□□ 2.24
PDGFRAP16234 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
PDGFRAP16234 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
PDGFRAP16234 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
PDGFRAP16234 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
PDGFRAP16234 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
PDGFRAP16234 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
PDGFRAP16234 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
PDGFRAP16234 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
PDGFRAP16234 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
PDGFRAP16234 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
PDGFRAP16234 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
PDGFRAP16234 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
PDGFRAP16234 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
PDGFRAP16234 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
PDGFRAP16234 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
PDGFRAP16234 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
PDGFRAP16234 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC28.92■■■□□ 2.22
PDGFRAP16234 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.91■■■□□ 2.22
PDGFRAP16234 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
PDGFRAP16234 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
PDGFRAP16234 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
PDGFRAP16234 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
PDGFRAP16234 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
PDGFRAP16234 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
PDGFRAP16234 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.86■■■□□ 2.21
PDGFRAP16234 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
PDGFRAP16234 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
PDGFRAP16234 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
PDGFRAP16234 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
PDGFRAP16234 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
PDGFRAP16234 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
PDGFRAP16234 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
PDGFRAP16234 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC28.77■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
PDGFRAP16234 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
PDGFRAP16234 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
PDGFRAP16234 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
PDGFRAP16234 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
PDGFRAP16234 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
PDGFRAP16234 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
PDGFRAP16234 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
PDGFRAP16234 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
PDGFRAP16234 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
PDGFRAP16234 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
PDGFRAP16234 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
PDGFRAP16234 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC28.66■■■□□ 2.18
PDGFRAP16234 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.66■■■□□ 2.18
PDGFRAP16234 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
PDGFRAP16234 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
PDGFRAP16234 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
PDGFRAP16234 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
PDGFRAP16234 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
PDGFRAP16234 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
PDGFRAP16234 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
PDGFRAP16234 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
PDGFRAP16234 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
PDGFRAP16234 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
PDGFRAP16234 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
PDGFRAP16234 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
PDGFRAP16234 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
PDGFRAP16234 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
PDGFRAP16234 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
PDGFRAP16234 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
PDGFRAP16234 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
PDGFRAP16234 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
PDGFRAP16234 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 214.3 ms