Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 SUV39H2-201ENST00000313519 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 MYLK-201ENST00000346322 5892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 ASB3-201ENST00000263634 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 DDX41-208ENST00000507955 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 RPS6KC1-206ENST00000543354 4082 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 NLRP7-209ENST00000592784 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 UBE2D3-210ENST00000453744 3990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AC068987.4-201ENST00000562343 2094 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 TGFBRAP1-201ENST00000258449 2827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AC118758.2-201ENST00000614242 2813 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 LINC01873-201ENST00000428647 1679 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 SIPA1L3-201ENST00000222345 7987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 DDX3X-201ENST00000399959 5399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 PRCP-201ENST00000313010 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 SPPL2A-201ENST00000261854 7372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 DBNDD1-203ENST00000392973 2689 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 LIG1-202ENST00000427526 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 SAFB-211ENST00000592224 3014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 CD99L2-208ENST00000613030 3742 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 NFATC2-203ENST00000414705 2974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 RPARP-AS1-202ENST00000492465 1556 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 CASKIN2-202ENST00000433559 3950 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AL359643.2-201ENST00000606227 3273 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 MYH14-201ENST00000262269 3848 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AFDN-211ENST00000447894 5475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AC012184.2-203ENST00000443119 2110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 USP31-203ENST00000567975 2142 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 SNX19-211ENST00000533214 3096 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 LATS1-207ENST00000543571 7517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 CALCB-203ENST00000533448 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 CELF1-201ENST00000310513 4583 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 HAGLR-202ENST00000416928 4235 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 PRR12-203ENST00000615927 4479 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 SLC35G1-201ENST00000371408 3490 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 CCSER2-203ENST00000372088 7657 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 ATG9A-201ENST00000361242 3130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AL360270.3-201ENST00000609118 1348 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 LRSAM1-204ENST00000373324 3044 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 OSBPL5-201ENST00000263650 3889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 ETV4-203ENST00000538265 2147 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 PLD2-201ENST00000263088 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AC090505.1-201ENST00000430515 1834 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF10-207ENST00000520359 5472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 LDLRAD2-201ENST00000344642 4012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 PEG13-201ENST00000631594 5667 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 SLC22A20-202ENST00000525437 3196 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 ZNF239-203ENST00000426961 2027 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 CHRD-206ENST00000450923 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 SMARCA2-208ENST00000382194 5679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 EHD4-201ENST00000220325 6416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 ACADM-202ENST00000370841 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 PSIP1-203ENST00000380733 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 ALAS1-204ENST00000469224 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 BCAR3-210ENST00000539242 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF9-230ENST00000637178 2145 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC112Q8NEF3 AP002851.1-201ENST00000640504 2130 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms