Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 CERS1-203ENST00000596048 749 ntTSL 313.6□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 36.7
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UPF1Q92900 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.331e-25■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 KDELR1-201ENST00000330720 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.191e-25■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 APAF1-206ENST00000547666 1596 ntTSL 511.72□□□□□ -0.534e-9■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.115e-9■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 B4GALT7-208ENST00000515353 2439 ntTSL 220.06■□□□□ 0.85e-9■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 B4GALT7-203ENST00000505145 2653 ntTSL 214.59□□□□□ -0.075e-9■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 HAAO-203ENST00000402698 1522 ntTSL 526.09■■□□□ 1.773e-18■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.693e-18■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 HAAO-205ENST00000406007 760 ntTSL 222.36■■□□□ 1.173e-18■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 BRCA2-201ENST00000380152 11986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.07□□□□□ -1.762e-8■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.215e-10■■■■■ 36.7
UPF1Q92900 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.618e-7■■■■■ 36.6
UPF1Q92900 PEF1-202ENST00000461006 732 ntTSL 516.84■□□□□ 0.292e-10■■■■■ 36.6
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UPF1Q92900 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.452e-8■■■■■ 36.6
UPF1Q92900 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.479e-9■■■■■ 36.6
UPF1Q92900 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.359e-9■■■■■ 36.6
UPF1Q92900 CALCOCO2-218ENST00000510997 674 ntTSL 312.03□□□□□ -0.489e-9■■■■■ 36.6
UPF1Q92900 FP671120.1-201ENST00000623664 2498 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.361e-10■■■■■ 36.6
UPF1Q92900 VAPB-202ENST00000395802 1834 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.293e-10■■■■■ 36.6
UPF1Q92900 VAPB-203ENST00000463370 2393 ntTSL 214.33□□□□□ -0.113e-10■■■■■ 36.6
UPF1Q92900 VAPB-205ENST00000476395 3583 ntTSL 28.65□□□□□ -1.033e-10■■■■■ 36.6
UPF1Q92900 SPPL2B-205ENST00000589515 1733 ntTSL 525.46■■□□□ 1.672e-7■■■■■ 36.6
UPF1Q92900 BET1L-205ENST00000479463 684 ntTSL 329.71■■■□□ 2.352e-11■■■■■ 36.5
UPF1Q92900 TCAF1-205ENST00000479870 5733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.42□□□□□ -0.16e-11■■■■■ 36.5
UPF1Q92900 LDLR-208ENST00000558518 3617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.688e-9■■■■■ 36.5
UPF1Q92900 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.352e-19■■■■■ 36.5
UPF1Q92900 PCYOX1-204ENST00000433351 5345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.564e-9■■■■■ 36.5
UPF1Q92900 KIFC3-207ENST00000543930 3018 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.021e-7■■■■■ 36.5
UPF1Q92900 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.154e-8■■■■■ 36.5
UPF1Q92900 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.072e-9■■■■■ 36.4
UPF1Q92900 ATG9A-215ENST00000446716 5245 ntTSL 218.1■□□□□ 0.491e-8■■■■■ 36.4
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UPF1Q92900 ATG9A-203ENST00000409033 3701 ntTSL 1 (best)13.3□□□□□ -0.281e-8■■■■■ 36.4
UPF1Q92900 ATG9A-202ENST00000396761 3799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.47□□□□□ -0.731e-8■■■■■ 36.4
UPF1Q92900 MED15-222ENST00000473244 2733 ntTSL 1 (best)18.6■□□□□ 0.573e-16■■■■■ 36.4
UPF1Q92900 MED15-231ENST00000493216 4701 ntTSL 217.05■□□□□ 0.323e-16■■■■■ 36.4
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UPF1Q92900 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.044e-12■■■■■ 36.4
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UPF1Q92900 MED15-229ENST00000489651 3563 ntTSL 1 (best)11.31□□□□□ -0.63e-16■■■■■ 36.4
UPF1Q92900 MED15-230ENST00000492381 3619 ntTSL 210.36□□□□□ -0.753e-16■■■■■ 36.4
UPF1Q92900 TMEM184B-212ENST00000633056 4792 nt14.85□□□□□ -0.035e-7■■■■■ 36.4
UPF1Q92900 MRPL49-208ENST00000533943 688 ntTSL 322.77■■□□□ 1.242e-15■■■■■ 36.4
UPF1Q92900 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.448e-7■■■■■ 36.3
UPF1Q92900 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.148e-7■■■■■ 36.3
UPF1Q92900 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.148e-7■■■■■ 36.3
UPF1Q92900 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.068e-7■■■■■ 36.3
UPF1Q92900 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.018e-7■■■■■ 36.3
UPF1Q92900 PSRC1-212ENST00000492431 1870 ntTSL 1 (best)20.88■□□□□ 0.938e-7■■■■■ 36.3
UPF1Q92900 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.868e-7■■■■■ 36.3
UPF1Q92900 PHF21A-201ENST00000323180 3675 ntTSL 1 (best) BASIC8.09□□□□□ -1.111e-7■■■■■ 36.3
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UPF1Q92900 SLC26A1-201ENST00000361661 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.193e-7■■■■■ 36.3
UPF1Q92900 DHX8-201ENST00000262415 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.54□□□□□ -0.562e-8■■■■■ 36.2
UPF1Q92900 UNK-205ENST00000589666 3925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.242e-7■■■■■ 36.2
UPF1Q92900 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.452e-8■■■■■ 36.2
UPF1Q92900 APMAP-202ENST00000451442 2117 ntTSL 512.88□□□□□ -0.352e-8■■■■■ 36.2
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UPF1Q92900 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.27e-7■■■■■ 36.1
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UPF1Q92900 MMACHC-201ENST00000401061 5296 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.95□□□□□ -1.146e-7■■■■■ 36.1
UPF1Q92900 TIMM44-208ENST00000598968 797 ntTSL 331.19■■■□□ 2.581e-13■■■■■ 36.1
UPF1Q92900 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.921e-13■■■■■ 36.1
UPF1Q92900 TIMM44-210ENST00000599939 2227 nt20.14■□□□□ 0.811e-13■■■■■ 36.1
UPF1Q92900 TIMM44-202ENST00000595565 868 ntTSL 319.35■□□□□ 0.691e-13■■■■■ 36.1
UPF1Q92900 TIMM44-203ENST00000595831 1797 ntTSL 518.43■□□□□ 0.541e-13■■■■■ 36.1
UPF1Q92900 SCARB1-205ENST00000538291 5527 ntTSL 516.82■□□□□ 0.286e-8■■■■■ 36.1
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UPF1Q92900 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.787e-10■■■■■ 36.1
UPF1Q92900 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.647e-10■■■■■ 36.1
UPF1Q92900 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.345e-8■■■■■ 36.1
UPF1Q92900 ATG9A-220ENST00000475339 812 ntTSL 223.01■■□□□ 1.278e-9■■■■■ 36.1
UPF1Q92900 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.121e-7■■■■■ 36
UPF1Q92900 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.391e-7■■■■■ 36
UPF1Q92900 TMEM104-201ENST00000335464 4745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.21e-7■■■■■ 36
UPF1Q92900 TMEM104-204ENST00000582330 4679 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.371e-7■■■■■ 36
UPF1Q92900 CHDH-201ENST00000315251 7665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.044e-7■■■■■ 36
UPF1Q92900 POLR1A-203ENST00000409681 6454 ntTSL 5 BASIC11.16□□□□□ -0.623e-8■■■■■ 36
UPF1Q92900 KCTD10-202ENST00000440541 2493 ntTSL 217.94■□□□□ 0.462e-13■■■■■ 36
UPF1Q92900 KCTD10-208ENST00000540089 3096 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.032e-13■■■■■ 36
UPF1Q92900 KCTD10-201ENST00000228495 4163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.77□□□□□ -0.216e-10■■■■■ 36
UPF1Q92900 KCTD10-216ENST00000545759 5355 ntTSL 1 (best)12.77□□□□□ -0.372e-13■■■■■ 36
UPF1Q92900 GMDS-204ENST00000476972 591 ntTSL 228.19■■■□□ 2.13e-10■■■■■ 36
UPF1Q92900 GMDS-205ENST00000486793 567 ntTSL 328.19■■■□□ 2.13e-10■■■■■ 36
UPF1Q92900 GMDS-203ENST00000467288 900 ntTSL 528.19■■■□□ 2.13e-10■■■■■ 36
UPF1Q92900 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.763e-10■■■■■ 36
UPF1Q92900 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.553e-10■■■■■ 36
UPF1Q92900 GMDS-201ENST00000380805 1743 ntTSL 222.96■■□□□ 1.273e-10■■■■■ 36
UPF1Q92900 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC31.1■■■□□ 2.575e-10■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.645e-10■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 SAE1-204ENST00000414294 2211 ntTSL 222.82■■□□□ 1.245e-10■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.945e-10■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 SAE1-207ENST00000596995 2106 ntTSL 220.76■□□□□ 0.915e-10■■■■■ 35.9
UPF1Q92900 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.625e-10■■■■■ 35.9
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