Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 CDK16-221ENST00000523543 533 ntTSL 212.01□□□□□ -0.492e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 MAPKBP1-201ENST00000456763 7158 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.558e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 MAPKBP1-202ENST00000457542 7232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.568e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 TMC8-202ENST00000589691 3927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.628e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 COPG2-202ENST00000425248 3134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.638e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 MAPKBP1-207ENST00000505373 4695 ntTSL 210.72□□□□□ -0.698e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 MBTPS1-207ENST00000564049 594 ntTSL 410.05□□□□□ -0.82e-12■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 MBTPS1-202ENST00000561936 708 ntTSL 510.03□□□□□ -0.82e-12■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SNW1-201ENST00000261531 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.71□□□□□ -0.858e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RTN4IP1-204ENST00000539449 814 ntTSL 2 BASIC9.65□□□□□ -0.868e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 L3MBTL1-205ENST00000422861 4322 ntAPPRIS ALT2 TSL 29.6□□□□□ -0.878e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 PSEN1-215ENST00000556011 442 ntTSL 58.39□□□□□ -1.078e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RAD54B-202ENST00000336148 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.18□□□□□ -1.18e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SNW1-206ENST00000556428 1966 ntTSL 27.47□□□□□ -1.218e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RAD54B-203ENST00000463267 1699 ntTSL 1 (best)7.21□□□□□ -1.268e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 WDR48-204ENST00000423296 563 ntTSL 46.77□□□□□ -1.328e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 CLK4-202ENST00000519132 3129 ntTSL 1 (best)6.76□□□□□ -1.338e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 IPO8-209ENST00000544829 3212 ntTSL 2 BASIC6.69□□□□□ -1.348e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SNW1-204ENST00000554775 1687 ntTSL 5 BASIC6.5□□□□□ -1.378e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 MAPKBP1-217ENST00000627631 210 ntTSL 5 BASIC6.46□□□□□ -1.388e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RAD54B-201ENST00000297592 1879 ntTSL 2 BASIC6.45□□□□□ -1.388e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 SNW1-205ENST00000555761 1855 ntTSL 2 BASIC6.4□□□□□ -1.388e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 TMEM50B-202ENST00000432504 619 ntTSL 56.02□□□□□ -1.453e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 PRDM10-208ENST00000531431 528 ntTSL 45.75□□□□□ -1.498e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 NAA15-203ENST00000468029 530 ntTSL 34.87□□□□□ -1.638e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 COPG2-201ENST00000330992 3073 ntTSL 1 (best) BASIC4.68□□□□□ -1.668e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 UBE2D2-201ENST00000253815 444 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC3.66□□□□□ -1.823e-6■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RAD54B-205ENST00000518998 599 ntTSL 32.51□□□□□ -2.018e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 WDR48-205ENST00000433841 645 ntTSL 32.42□□□□□ -2.028e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 DCUN1D4-208ENST00000504923 562 ntTSL 42.36□□□□□ -2.038e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 RAD54B-208ENST00000523839 472 ntTSL 31.11□□□□□ -2.238e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.357e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.347e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.197e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 DENND5A-205ENST00000526707 2861 ntTSL 219.3■□□□□ 0.687e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 DENND5A-210ENST00000530044 4060 ntTSL 2 BASIC11.11□□□□□ -0.637e-7■■■■■ 100.3
SF3B1O75533 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC21.1■□□□□ 0.973e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC19.09■□□□□ 0.653e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-227ENST00000641811 1031 nt18.86■□□□□ 0.613e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-230ENST00000641927 1678 nt18.67■□□□□ 0.583e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-214ENST00000641314 1558 nt18.63■□□□□ 0.573e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-232ENST00000641947 1774 nt18.42■□□□□ 0.543e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-226ENST00000641756 2132 nt18.41■□□□□ 0.543e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC17.91■□□□□ 0.463e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-211ENST00000641213 2053 nt17.61■□□□□ 0.413e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.413e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-229ENST00000641891 2175 nt17.46■□□□□ 0.393e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.333e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-216ENST00000641375 2196 nt17.09■□□□□ 0.333e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-233ENST00000642021 2794 nt14.13□□□□□ -0.153e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PHGDH-201ENST00000369407 3180 ntTSL 212.69□□□□□ -0.383e-6■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.153e-8■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.798e-7■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC19■□□□□ 0.638e-7■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 RPA2-203ENST00000373912 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.138e-7■■■■■ 100.2
SF3B1O75533 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.662e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.892e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 PAIP1-205ENST00000504639 1766 ntTSL 520.14■□□□□ 0.812e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.742e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 PAIP1-202ENST00000338972 1814 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC7.52□□□□□ -1.212e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.44e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 OS9-207ENST00000439210 1946 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.024e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 BZW2-209ENST00000437745 1711 ntTSL 1 (best)15.09■□□□□ 0.012e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 OS9-218ENST00000551035 2246 ntTSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.124e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 OS9-206ENST00000435406 2346 ntTSL 2 BASIC14.16□□□□□ -0.144e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 OS9-203ENST00000389142 2457 ntTSL 5 BASIC14.16□□□□□ -0.144e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 OS9-201ENST00000257966 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.97□□□□□ -0.174e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 BZW2-204ENST00000415365 1405 ntTSL 1 (best)13.04□□□□□ -0.322e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 OS9-202ENST00000315970 2691 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.59□□□□□ -0.394e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 BZW2-214ENST00000630952 1721 ntTSL 5 BASIC12.17□□□□□ -0.462e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 EXOC4-210ENST00000472020 492 ntTSL 410.77□□□□□ -0.692e-8■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 BZW2-207ENST00000433922 1862 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.29□□□□□ -0.762e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 BZW2-202ENST00000405202 1689 ntTSL 5 BASIC10.2□□□□□ -0.782e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 BZW2-212ENST00000452975 1464 ntTSL 1 (best) BASIC10□□□□□ -0.812e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 BZW2-201ENST00000258761 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.72□□□□□ -0.852e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 OS9-210ENST00000549307 3870 ntTSL 29.49□□□□□ -0.894e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 BZW2-208ENST00000436868 1784 ntTSL 58.94□□□□□ -0.982e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 LRBA-207ENST00000509835 5578 ntTSL 1 (best)6.82□□□□□ -1.323e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 MLLT1-202ENST00000585588 637 ntTSL 317.82■□□□□ 0.444e-6■■■■■ 100.1
SF3B1O75533 RAB4A-202ENST00000473894 708 ntTSL 319.08■□□□□ 0.652e-13■■■■■ 100
SF3B1O75533 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.632e-13■■■■■ 100
SF3B1O75533 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.612e-13■■■■■ 100
SF3B1O75533 ST7-215ENST00000438863 1005 ntTSL 529.45■■■□□ 2.32e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.056e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 SLC45A4-205ENST00000520137 835 ntTSL 320.69■□□□□ 0.96e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 SLC45A4-206ENST00000521804 726 ntTSL 320.55■□□□□ 0.886e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.636e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 NSUN5-206ENST00000471461 2286 ntTSL 218.16■□□□□ 0.56e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 NSUN5-205ENST00000455763 471 ntTSL 417.36■□□□□ 0.376e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.326e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.266e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 SCMH1-209ENST00000397174 2977 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.92□□□□□ -0.666e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 SCMH1-201ENST00000326197 3275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.41□□□□□ -0.746e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 SCMH1-208ENST00000397171 3186 ntTSL 5 BASIC10.25□□□□□ -0.776e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 SCMH1-211ENST00000456518 1586 ntTSL 2 BASIC10.22□□□□□ -0.776e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 SCMH1-204ENST00000361705 3115 ntTSL 5 BASIC10.15□□□□□ -0.786e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 SCMH1-203ENST00000361191 2906 ntTSL 5 BASIC9.63□□□□□ -0.876e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 SCMH1-205ENST00000372595 3231 ntTSL 1 (best) BASIC9.04□□□□□ -0.966e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 SCMH1-210ENST00000402904 3204 ntTSL 5 BASIC8.66□□□□□ -1.026e-6■■■■■ 100
SF3B1O75533 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.613e-6■■■■■ 100
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 804.7 ms