Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

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Length 303 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
MSX1P28360 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 PAK2-201ENST00000327134 6139 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 YIPF7-202ENST00000415895 1196 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 AC009446.1-201ENST00000519840 808 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
MSX1P28360 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
MSX1P28360 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
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