Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BEST3Q8N1M1 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
BEST3Q8N1M1 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
BEST3Q8N1M1 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.6 ms