Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 IL15RA-203ENST00000379974 1022 ntTSL 1 (best)28.66■■■□□ 2.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AK4-206ENST00000497030 834 ntTSL 1 (best)28.6■■■□□ 2.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.158e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BOP1-204ENST00000569403 651 ntTSL 428.39■■■□□ 2.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAMD11-203ENST00000420190 1578 ntTSL 328.36■■■□□ 2.138e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.098e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TCEA1-202ENST00000517351 539 ntTSL 427.98■■■□□ 2.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NADK-205ENST00000460602 974 ntTSL 227.98■■■□□ 2.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NADK-212ENST00000492768 859 ntTSL 327.98■■■□□ 2.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RHBDD3-203ENST00000413137 1555 ntTSL 527.7■■■□□ 2.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMAD6-202ENST00000557916 1401 ntTSL 1 (best)27.65■■■□□ 2.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARID4A-205ENST00000424658 582 ntTSL 227.58■■■□□ 2.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.998e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.998e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.988e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HERPUD2-205ENST00000427455 672 ntTSL 327.33■■□□□ 1.978e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC13-203ENST00000466507 865 ntTSL 527.33■■□□□ 1.979e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 TUSC3-210ENST00000510836 1452 ntTSL 527.31■■□□□ 1.968e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC13-208ENST00000522399 529 ntTSL 427.26■■□□□ 1.959e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 FAM86B3P-206ENST00000588728 1030 ntTSL 1 (best)27.23■■□□□ 1.958e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.958e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ITPK1-203ENST00000553452 609 ntTSL 527.2■■□□□ 1.958e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.948e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.948e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.938e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.938e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCZ1B-202ENST00000411858 571 ntTSL 527.01■■□□□ 1.918e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.98e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.888e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.878e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TCEA1-209ENST00000521836 625 ntTSL 426.73■■□□□ 1.878e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CDC34-203ENST00000586788 900 ntTSL 226.72■■□□□ 1.878e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.868e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HAGH-211ENST00000569339 820 ntTSL 326.66■■□□□ 1.868e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARRDC1-AS1-202ENST00000496793 1424 ntTSL 226.66■■□□□ 1.868e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.848e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FYN-224ENST00000523238 1012 ntTSL 526.44■■□□□ 1.828e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TUSC3-213ENST00000515859 1627 ntTSL 526.43■■□□□ 1.828e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HYOU1-202ENST00000526656 862 ntTSL 326.29■■□□□ 1.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AK4-203ENST00000470888 1043 ntTSL 226.17■■□□□ 1.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GTF2A1-201ENST00000298173 1677 ntTSL 226.05■■□□□ 1.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLOD3-215ENST00000487563 712 ntTSL 225.98■■□□□ 1.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C19orf12-203ENST00000392275 1188 ntTSL 225.94■■□□□ 1.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIAS2-202ENST00000398654 2043 ntTSL 1 (best)25.94■■□□□ 1.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RALY-207ENST00000481580 773 ntTSL 225.86■■□□□ 1.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EMC10-207ENST00000599293 1926 ntTSL 325.78■■□□□ 1.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF31-203ENST00000491351 1804 ntTSL 525.69■■□□□ 1.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EPB41L1-213ENST00000447825 896 ntTSL 325.63■■□□□ 1.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC13-205ENST00000481976 1062 ntTSL 525.52■■□□□ 1.689e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC13-209ENST00000522821 558 ntTSL 425.52■■□□□ 1.689e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.668e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C19orf12-206ENST00000591243 546 ntTSL 1 (best)25.36■■□□□ 1.658e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DENND4B-209ENST00000483561 499 ntTSL 425.27■■□□□ 1.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP1MT-219ENST00000524092 313 ntTSL 325.25■■□□□ 1.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.638e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BAIAP3-214ENST00000568198 804 ntTSL 325.2■■□□□ 1.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PELI3-207ENST00000531856 289 ntTSL 325.18■■□□□ 1.628e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DENND5B-206ENST00000545147 566 ntTSL 225.12■■□□□ 1.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.618e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC037459.1-201ENST00000450780 977 ntTSL 525.07■■□□□ 1.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EMC10-208ENST00000601780 2178 ntTSL 1 (best)25.06■■□□□ 1.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.68e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRDMT1-211ENST00000495022 1374 ntTSL 224.93■■□□□ 1.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD51-204ENST00000525066 1545 ntTSL 524.9■■□□□ 1.588e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.562e-15■■■■■ 107
SF3B1O75533 C1QTNF12-205ENST00000486627 639 ntTSL 324.78■■□□□ 1.562e-15■■■■■ 107
SF3B1O75533 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MED26-203ENST00000598492 539 ntTSL 424.53■■□□□ 1.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HYOU1-203ENST00000527038 629 ntTSL 224.52■■□□□ 1.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUBP2-205ENST00000564227 903 ntTSL 324.47■■□□□ 1.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARPC1B-218ENST00000484375 785 ntTSL 324.46■■□□□ 1.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GSTM4-206ENST00000464733 772 ntTSL 224.42■■□□□ 1.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.498e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1681.8 ms