Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
LIMD1Q9UGP4 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
LIMD1Q9UGP4 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
LIMD1Q9UGP4 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms