Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
BDNFP23560 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
BDNFP23560 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
BDNFP23560 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
BDNFP23560 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
BDNFP23560 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
BDNFP23560 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.64■■□□□ 1.7
BDNFP23560 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
BDNFP23560 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
BDNFP23560 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
BDNFP23560 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
BDNFP23560 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
BDNFP23560 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
BDNFP23560 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
BDNFP23560 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
BDNFP23560 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
BDNFP23560 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
BDNFP23560 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
BDNFP23560 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
BDNFP23560 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
BDNFP23560 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
BDNFP23560 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
BDNFP23560 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
BDNFP23560 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
BDNFP23560 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
BDNFP23560 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
BDNFP23560 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
BDNFP23560 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
BDNFP23560 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
BDNFP23560 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
BDNFP23560 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
BDNFP23560 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
BDNFP23560 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
BDNFP23560 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
BDNFP23560 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
BDNFP23560 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
BDNFP23560 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
BDNFP23560 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
BDNFP23560 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
BDNFP23560 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
BDNFP23560 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
BDNFP23560 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
BDNFP23560 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
BDNFP23560 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
BDNFP23560 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
BDNFP23560 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
BDNFP23560 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
BDNFP23560 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
BDNFP23560 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
BDNFP23560 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
BDNFP23560 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
BDNFP23560 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
BDNFP23560 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
BDNFP23560 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
BDNFP23560 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
BDNFP23560 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
BDNFP23560 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
BDNFP23560 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
BDNFP23560 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
BDNFP23560 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
BDNFP23560 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
BDNFP23560 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
BDNFP23560 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
BDNFP23560 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
BDNFP23560 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
BDNFP23560 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
BDNFP23560 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
BDNFP23560 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
BDNFP23560 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
BDNFP23560 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
BDNFP23560 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
BDNFP23560 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
BDNFP23560 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
BDNFP23560 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
BDNFP23560 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
BDNFP23560 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
BDNFP23560 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
BDNFP23560 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
BDNFP23560 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
BDNFP23560 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
BDNFP23560 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
BDNFP23560 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
BDNFP23560 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
BDNFP23560 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
BDNFP23560 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
BDNFP23560 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
BDNFP23560 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
BDNFP23560 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
BDNFP23560 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
BDNFP23560 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BDNFP23560 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BDNFP23560 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
BDNFP23560 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BDNFP23560 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
BDNFP23560 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
BDNFP23560 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BDNFP23560 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
BDNFP23560 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
BDNFP23560 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
BDNFP23560 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 111.5 ms