RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000621269.4

ATXN3-253, Transcript of ataxin 3, human

TSL 5 BASIC

Gene ATXN3, Length 936 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-253	ENST00000621269	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		59.49	■■■■■ 7.11
ATXN3-253	ENST00000621269	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		53.2	■■■■■ 6.11
ATXN3-253	ENST00000621269	ABCC9	O60706	1549 aa		52.93	■■■■■ 6.06
ATXN3-253	ENST00000621269	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		50.54	■■■■■ 5.68
ATXN3-253	ENST00000621269	NACAD	O15069	1562 aa		50.26	■■■■■ 5.64
ATXN3-253	ENST00000621269	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		50.21	■■■■■ 5.63
ATXN3-253	ENST00000621269	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		49.66	■■■■■ 5.54
ATXN3-253	ENST00000621269	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	49.37	■■■■■ 5.49
ATXN3-253	ENST00000621269	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	49.35	■■■■■ 5.49
ATXN3-253	ENST00000621269	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		49.32	■■■■■ 5.49
ATXN3-253	ENST00000621269	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		49.28	■■■■■ 5.48
ATXN3-253	ENST00000621269	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		49.15	■■■■■ 5.46
ATXN3-253	ENST00000621269	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		48.98	■■■■■ 5.43
ATXN3-253	ENST00000621269	SCRIB	Q14160	1630 aa		48.53	■■■■■ 5.36
ATXN3-253	ENST00000621269	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		48.42	■■■■■ 5.34
ATXN3-253	ENST00000621269	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		47.81	■■■■■ 5.24
ATXN3-253	ENST00000621269	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	47.79	■■■■■ 5.24
ATXN3-253	ENST00000621269	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		47.65	■■■■■ 5.22
ATXN3-253	ENST00000621269	NCAPD3	P42695	1498 aa		46.4	■■■■■ 5.02
ATXN3-253	ENST00000621269	SMARCA4	P51532	1647 aa		46.32	■■■■■ 5
ATXN3-253	ENST00000621269	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		46.3	■■■■■ 5
ATXN3-253	ENST00000621269	SMARCA2	P51531	1590 aa		46.21	■■■■■ 4.99
ATXN3-253	ENST00000621269	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	46.18	■■■■■ 4.98
ATXN3-253	ENST00000621269	HMGXB3	Q12766	1538 aa		46.07	■■■■■ 4.97
ATXN3-253	ENST00000621269	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	45.9	■■■■■ 4.94
ATXN3-253	ENST00000621269	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		45.85	■■■■■ 4.93
ATXN3-253	ENST00000621269	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		45.83	■■■■■ 4.93
ATXN3-253	ENST00000621269	ERCC6	Q03468	1493 aa		45.73	■■■■■ 4.91
ATXN3-253	ENST00000621269	NES	P48681	1621 aa		45.54	■■■■■ 4.88
ATXN3-253	ENST00000621269	CUX2	O14529	1486 aa		45.49	■■■■■ 4.87
ATXN3-253	ENST00000621269	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		45.3	■■■■■ 4.84
ATXN3-253	ENST00000621269	WIZ	O95785	1651 aa		45.28	■■■■■ 4.84
ATXN3-253	ENST00000621269	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		45.1	■■■■■ 4.81
ATXN3-253	ENST00000621269	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		45.08	■■■■■ 4.81
ATXN3-253	ENST00000621269	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		45.03	■■■■■ 4.8
ATXN3-253	ENST00000621269	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	45.02	■■■■■ 4.8
ATXN3-253	ENST00000621269	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	44.98	■■■■■ 4.79
ATXN3-253	ENST00000621269	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		44.93	■■■■■ 4.78
ATXN3-253	ENST00000621269	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	44.76	■■■■■ 4.76
ATXN3-253	ENST00000621269	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		44.63	■■■■■ 4.73
ATXN3-253	ENST00000621269	CFTR	P13569	1480 aa		44.56	■■■■■ 4.72
ATXN3-253	ENST00000621269	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		44.53	■■■■■ 4.72
ATXN3-253	ENST00000621269	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		44.51	■■■■■ 4.72
ATXN3-253	ENST00000621269	WDR62	O43379	1518 aa		44.48	■■■■■ 4.71
ATXN3-253	ENST00000621269	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		44.27	■■■■■ 4.68
ATXN3-253	ENST00000621269	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	44.09	■■■■■ 4.65
ATXN3-253	ENST00000621269	PRDM2	Q13029	1718 aa		44.07	■■■■■ 4.65
ATXN3-253	ENST00000621269	TOPBP1	Q92547	1522 aa		43.68	■■■■■ 4.58
ATXN3-253	ENST00000621269	ABCC8	Q09428	1581 aa		43.67	■■■■■ 4.58
ATXN3-253	ENST00000621269	IFT140	Q96RY7	1462 aa		43.64	■■■■■ 4.58
ATXN3-253	ENST00000621269	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		43.55	■■■■■ 4.56
ATXN3-253	ENST00000621269	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		43.54	■■■■■ 4.56
ATXN3-253	ENST00000621269	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	43.49	■■■■■ 4.55
ATXN3-253	ENST00000621269	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	43.37	■■■■■ 4.53
ATXN3-253	ENST00000621269	TRIM41	Q8WV44	630 aa		43.31	■■■■■ 4.52
ATXN3-253	ENST00000621269	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	43.26	■■■■■ 4.52
ATXN3-253	ENST00000621269	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	43.25	■■■■■ 4.51
ATXN3-253	ENST00000621269	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	43.24	■■■■■ 4.51
ATXN3-253	ENST00000621269	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	43.18	■■■■■ 4.5
ATXN3-253	ENST00000621269	SOGA1	O94964	1423 aa		43.12	■■■■■ 4.49
ATXN3-253	ENST00000621269	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		43.1	■■■■■ 4.49
ATXN3-253	ENST00000621269	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		43.05	■■■■■ 4.48
ATXN3-253	ENST00000621269	CUX1	P39880	1505 aa		43.04	■■■■■ 4.48
ATXN3-253	ENST00000621269	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	42.98	■■■■■ 4.47
ATXN3-253	ENST00000621269	FBLN2	P98095	1184 aa		42.91	■■■■■ 4.46
ATXN3-253	ENST00000621269	WDR97	A6NE52	1622 aa		42.86	■■■■■ 4.45
ATXN3-253	ENST00000621269	CHD1	O14646	1710 aa		42.85	■■■■■ 4.45
ATXN3-253	ENST00000621269	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		42.83	■■■■■ 4.45
ATXN3-253	ENST00000621269	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		42.83	■■■■■ 4.45
ATXN3-253	ENST00000621269	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		42.83	■■■■■ 4.45
ATXN3-253	ENST00000621269	ARHGEF11	O15085	1522 aa		42.75	■■■■■ 4.43
ATXN3-253	ENST00000621269	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		42.74	■■■■■ 4.43
ATXN3-253	ENST00000621269	GRIN2B	Q13224	1484 aa		42.68	■■■■■ 4.42
ATXN3-253	ENST00000621269	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	42.64	■■■■■ 4.42
ATXN3-253	ENST00000621269	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	42.64	■■■■■ 4.42
ATXN3-253	ENST00000621269	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		42.59	■■■■■ 4.41
ATXN3-253	ENST00000621269	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		42.57	■■■■■ 4.41
ATXN3-253	ENST00000621269	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	42.52	■■■■■ 4.4
ATXN3-253	ENST00000621269	SYNJ2	O15056	1496 aa		42.5	■■■■■ 4.39
ATXN3-253	ENST00000621269	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		42.49	■■■■■ 4.39
ATXN3-253	ENST00000621269	PBRM1	Q86U86	1689 aa		42.48	■■■■■ 4.39
ATXN3-253	ENST00000621269	TOP2B	Q02880	1626 aa		42.45	■■■■■ 4.39
ATXN3-253	ENST00000621269	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		42.45	■■■■■ 4.39
ATXN3-253	ENST00000621269	SYNJ1	O43426	1573 aa		42.44	■■■■■ 4.39
ATXN3-253	ENST00000621269	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		42.43	■■■■■ 4.38
ATXN3-253	ENST00000621269	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		42.38	■■■■■ 4.37
ATXN3-253	ENST00000621269	ARAP1	Q96P48	1450 aa		42.34	■■■■■ 4.37
ATXN3-253	ENST00000621269	GRIN2A	Q12879	1464 aa		42.12	■■■■■ 4.33
ATXN3-253	ENST00000621269	ADAMTS12	P58397	1594 aa		42.11	■■■■■ 4.33
ATXN3-253	ENST00000621269	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		42.06	■■■■■ 4.32
ATXN3-253	ENST00000621269	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		42.05	■■■■■ 4.32
ATXN3-253	ENST00000621269	NUP160	Q12769	1436 aa		41.95	■■■■■ 4.31
ATXN3-253	ENST00000621269	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	41.95	■■■■■ 4.31
ATXN3-253	ENST00000621269	CEP170	Q5SW79	1584 aa		41.92	■■■■■ 4.3
ATXN3-253	ENST00000621269	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		41.74	■■■■■ 4.27
ATXN3-253	ENST00000621269	KIF27	Q86VH2	1401 aa		41.69	■■■■■ 4.27
ATXN3-253	ENST00000621269	SHROOM2	Q13796	1616 aa		41.69	■■■■■ 4.27
ATXN3-253	ENST00000621269	IGF1R	P08069	1367 aa		41.62	■■■■■ 4.25
ATXN3-253	ENST00000621269	JPH4	Q96JJ6	628 aa		41.59	■■■■■ 4.25
ATXN3-253	ENST00000621269	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	41.57	■■■■■ 4.25

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