Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
CHD3Q12873 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
CHD3Q12873 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC20.83■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHD3Q12873 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
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