Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC33.11■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC33.11■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC33.1■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC33.08■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.07■■■□□ 2.89
HOXC9P31274 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC33.07■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC33.07■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC33.05■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.04■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC33.04■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC33.03■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
HOXC9P31274 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC33.01■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC33.01■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.01■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC32.99■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.99■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.98■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.97■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC32.97■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC32.96■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC32.95■■■□□ 2.87
HOXC9P31274 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC32.94■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC32.94■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.93■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.92■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC32.92■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC32.92■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.92■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC32.91■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC32.91■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.91■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC32.9■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC32.9■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.9■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC32.89■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.89■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC32.89■■■□□ 2.86
HOXC9P31274 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.85
HOXC9P31274 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms