Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
MSX1P28360 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
MSX1P28360 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
MSX1P28360 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
MSX1P28360 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
MSX1P28360 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
MSX1P28360 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
MSX1P28360 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
MSX1P28360 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
MSX1P28360 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
MSX1P28360 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
MSX1P28360 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
MSX1P28360 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
MSX1P28360 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
MSX1P28360 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61 ms