Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZ43

USE1, Vesicle transport protein USE1, humanhuman

Predictions only

Length 259 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USE1Q9NZ43 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USE1Q9NZ43 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USE1Q9NZ43 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USE1Q9NZ43 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USE1Q9NZ43 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USE1Q9NZ43 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USE1Q9NZ43 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USE1Q9NZ43 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
USE1Q9NZ43 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USE1Q9NZ43 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USE1Q9NZ43 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
USE1Q9NZ43 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USE1Q9NZ43 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
USE1Q9NZ43 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USE1Q9NZ43 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
USE1Q9NZ43 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USE1Q9NZ43 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
USE1Q9NZ43 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USE1Q9NZ43 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms