Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
ZNF540Q8NDQ6 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ZNF540Q8NDQ6 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
ZNF540Q8NDQ6 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF540Q8NDQ6 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 134.6 ms