Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC35.97■■■■□ 3.35
COL9A1P20849 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.78■■■■□ 3.32
COL9A1P20849 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
COL9A1P20849 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
COL9A1P20849 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC35.01■■■■□ 3.2
COL9A1P20849 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
COL9A1P20849 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.51■■■■□ 3.12
COL9A1P20849 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL9A1P20849 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
COL9A1P20849 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
COL9A1P20849 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
COL9A1P20849 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
COL9A1P20849 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL9A1P20849 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.76■■■□□ 2.99
COL9A1P20849 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL9A1P20849 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.57■■■□□ 2.96
COL9A1P20849 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL9A1P20849 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL9A1P20849 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC33.56■■■□□ 2.96
COL9A1P20849 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC33.55■■■□□ 2.96
COL9A1P20849 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC33.33■■■□□ 2.93
COL9A1P20849 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL9A1P20849 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
COL9A1P20849 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
COL9A1P20849 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
COL9A1P20849 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.03■■■□□ 2.88
COL9A1P20849 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC33.01■■■□□ 2.87
COL9A1P20849 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
COL9A1P20849 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
COL9A1P20849 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC32.93■■■□□ 2.86
COL9A1P20849 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
COL9A1P20849 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC32.65■■■□□ 2.82
COL9A1P20849 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.64■■■□□ 2.82
COL9A1P20849 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
COL9A1P20849 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
COL9A1P20849 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
COL9A1P20849 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC32.52■■■□□ 2.8
COL9A1P20849 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
COL9A1P20849 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
COL9A1P20849 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.4■■■□□ 2.78
COL9A1P20849 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC32.31■■■□□ 2.76
COL9A1P20849 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.3■■■□□ 2.76
COL9A1P20849 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
COL9A1P20849 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
COL9A1P20849 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
COL9A1P20849 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
COL9A1P20849 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC32.17■■■□□ 2.74
COL9A1P20849 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC32.17■■■□□ 2.74
COL9A1P20849 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
COL9A1P20849 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
COL9A1P20849 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
COL9A1P20849 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
COL9A1P20849 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
COL9A1P20849 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
COL9A1P20849 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC31.99■■■□□ 2.71
COL9A1P20849 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
COL9A1P20849 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.84■■■□□ 2.69
COL9A1P20849 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.84■■■□□ 2.69
COL9A1P20849 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
COL9A1P20849 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC31.79■■■□□ 2.68
COL9A1P20849 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
COL9A1P20849 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
COL9A1P20849 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC31.67■■■□□ 2.66
COL9A1P20849 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.67■■■□□ 2.66
COL9A1P20849 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
COL9A1P20849 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC31.61■■■□□ 2.65
COL9A1P20849 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
COL9A1P20849 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC31.59■■■□□ 2.65
COL9A1P20849 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
COL9A1P20849 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
COL9A1P20849 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC31.51■■■□□ 2.63
COL9A1P20849 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
COL9A1P20849 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC31.45■■■□□ 2.63
COL9A1P20849 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
COL9A1P20849 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
COL9A1P20849 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
COL9A1P20849 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC31.27■■■□□ 2.6
COL9A1P20849 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC31.25■■■□□ 2.59
COL9A1P20849 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC31.21■■■□□ 2.59
COL9A1P20849 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
COL9A1P20849 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
COL9A1P20849 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC31.15■■■□□ 2.58
COL9A1P20849 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
COL9A1P20849 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
COL9A1P20849 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
COL9A1P20849 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
COL9A1P20849 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC31.06■■■□□ 2.56
COL9A1P20849 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
COL9A1P20849 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
COL9A1P20849 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC31.05■■■□□ 2.56
COL9A1P20849 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC31.03■■■□□ 2.56
COL9A1P20849 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
COL9A1P20849 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.56
COL9A1P20849 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
COL9A1P20849 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC31■■■□□ 2.55
COL9A1P20849 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC30.96■■■□□ 2.55
COL9A1P20849 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
COL9A1P20849 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC30.95■■■□□ 2.55
COL9A1P20849 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC30.95■■■□□ 2.55
COL9A1P20849 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.5 ms