Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CLN3Q13286 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
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