Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
HIF3AQ9Y2N7 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HIF3AQ9Y2N7 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HIF3AQ9Y2N7 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HIF3AQ9Y2N7 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms