Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
HIF3AQ9Y2N7 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC30.33■■■□□ 2.45
HIF3AQ9Y2N7 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC29.83■■■□□ 2.37
HIF3AQ9Y2N7 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
HIF3AQ9Y2N7 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
HIF3AQ9Y2N7 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
HIF3AQ9Y2N7 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
HIF3AQ9Y2N7 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
HIF3AQ9Y2N7 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
HIF3AQ9Y2N7 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
HIF3AQ9Y2N7 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
HIF3AQ9Y2N7 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC28.95■■■□□ 2.23
HIF3AQ9Y2N7 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
HIF3AQ9Y2N7 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
HIF3AQ9Y2N7 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
HIF3AQ9Y2N7 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HIF3AQ9Y2N7 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HIF3AQ9Y2N7 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HIF3AQ9Y2N7 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HIF3AQ9Y2N7 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HIF3AQ9Y2N7 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HIF3AQ9Y2N7 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HIF3AQ9Y2N7 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
HIF3AQ9Y2N7 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
HIF3AQ9Y2N7 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
HIF3AQ9Y2N7 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
HIF3AQ9Y2N7 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
HIF3AQ9Y2N7 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
HIF3AQ9Y2N7 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
HIF3AQ9Y2N7 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
HIF3AQ9Y2N7 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
HIF3AQ9Y2N7 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC27.75■■■□□ 2.03
HIF3AQ9Y2N7 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HIF3AQ9Y2N7 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HIF3AQ9Y2N7 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
HIF3AQ9Y2N7 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
HIF3AQ9Y2N7 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
HIF3AQ9Y2N7 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
HIF3AQ9Y2N7 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
HIF3AQ9Y2N7 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HIF3AQ9Y2N7 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HIF3AQ9Y2N7 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
HIF3AQ9Y2N7 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
HIF3AQ9Y2N7 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
HIF3AQ9Y2N7 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
HIF3AQ9Y2N7 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
HIF3AQ9Y2N7 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
HIF3AQ9Y2N7 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
HIF3AQ9Y2N7 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
HIF3AQ9Y2N7 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
HIF3AQ9Y2N7 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
HIF3AQ9Y2N7 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
HIF3AQ9Y2N7 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
HIF3AQ9Y2N7 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HIF3AQ9Y2N7 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HIF3AQ9Y2N7 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HIF3AQ9Y2N7 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HIF3AQ9Y2N7 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HIF3AQ9Y2N7 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
HIF3AQ9Y2N7 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
HIF3AQ9Y2N7 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HIF3AQ9Y2N7 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
HIF3AQ9Y2N7 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC26.52■■□□□ 1.84
HIF3AQ9Y2N7 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HIF3AQ9Y2N7 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
HIF3AQ9Y2N7 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
HIF3AQ9Y2N7 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
HIF3AQ9Y2N7 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
HIF3AQ9Y2N7 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
HIF3AQ9Y2N7 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
HIF3AQ9Y2N7 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
HIF3AQ9Y2N7 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
HIF3AQ9Y2N7 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
HIF3AQ9Y2N7 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
HIF3AQ9Y2N7 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HIF3AQ9Y2N7 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
HIF3AQ9Y2N7 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HIF3AQ9Y2N7 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HIF3AQ9Y2N7 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HIF3AQ9Y2N7 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
HIF3AQ9Y2N7 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HIF3AQ9Y2N7 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HIF3AQ9Y2N7 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HIF3AQ9Y2N7 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HIF3AQ9Y2N7 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HIF3AQ9Y2N7 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HIF3AQ9Y2N7 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HIF3AQ9Y2N7 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
HIF3AQ9Y2N7 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC26.05■■□□□ 1.76
HIF3AQ9Y2N7 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
HIF3AQ9Y2N7 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
HIF3AQ9Y2N7 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
HIF3AQ9Y2N7 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
HIF3AQ9Y2N7 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
HIF3AQ9Y2N7 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
HIF3AQ9Y2N7 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
HIF3AQ9Y2N7 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.7 ms