Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
HIF3AQ9Y2N7 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
HIF3AQ9Y2N7 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HIF3AQ9Y2N7 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HIF3AQ9Y2N7 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.2 ms