Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LHX1P48742 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LHX1P48742 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LHX1P48742 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
LHX1P48742 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
LHX1P48742 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
LHX1P48742 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
LHX1P48742 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
LHX1P48742 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
LHX1P48742 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
LHX1P48742 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
LHX1P48742 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LHX1P48742 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LHX1P48742 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
LHX1P48742 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
LHX1P48742 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
LHX1P48742 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
LHX1P48742 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.39■■□□□ 1.97
LHX1P48742 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
LHX1P48742 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
LHX1P48742 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
LHX1P48742 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LHX1P48742 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LHX1P48742 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LHX1P48742 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
LHX1P48742 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
LHX1P48742 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LHX1P48742 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LHX1P48742 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LHX1P48742 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
LHX1P48742 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
LHX1P48742 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LHX1P48742 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LHX1P48742 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
LHX1P48742 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
LHX1P48742 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
LHX1P48742 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
LHX1P48742 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
LHX1P48742 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
LHX1P48742 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
LHX1P48742 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
LHX1P48742 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LHX1P48742 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
LHX1P48742 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LHX1P48742 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
LHX1P48742 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
LHX1P48742 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LHX1P48742 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LHX1P48742 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
LHX1P48742 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LHX1P48742 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
LHX1P48742 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
LHX1P48742 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
LHX1P48742 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.26■■□□□ 1.96
LHX1P48742 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
LHX1P48742 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
LHX1P48742 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
LHX1P48742 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
LHX1P48742 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
LHX1P48742 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
LHX1P48742 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
LHX1P48742 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
LHX1P48742 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
LHX1P48742 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
LHX1P48742 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LHX1P48742 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LHX1P48742 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LHX1P48742 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LHX1P48742 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
LHX1P48742 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LHX1P48742 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LHX1P48742 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
LHX1P48742 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
LHX1P48742 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
LHX1P48742 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
LHX1P48742 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
LHX1P48742 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
LHX1P48742 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
LHX1P48742 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LHX1P48742 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LHX1P48742 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
LHX1P48742 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LHX1P48742 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27.18■■□□□ 1.94
LHX1P48742 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
LHX1P48742 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
LHX1P48742 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LHX1P48742 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LHX1P48742 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LHX1P48742 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LHX1P48742 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
LHX1P48742 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LHX1P48742 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LHX1P48742 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LHX1P48742 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LHX1P48742 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LHX1P48742 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LHX1P48742 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
LHX1P48742 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
LHX1P48742 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
LHX1P48742 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.6 ms