Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC29.98■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
SNHG28P0DPA3 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC29.94■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29.93■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC29.9■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC29.9■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
SNHG28P0DPA3 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC29.87■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
SNHG28P0DPA3 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC29.79■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC29.79■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC29.79■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
SNHG28P0DPA3 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC29.75■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC29.74■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.71■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.35
SNHG28P0DPA3 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC29.68■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.7 ms