Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CLDN9O95484 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CLDN9O95484 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CLDN9O95484 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CLDN9O95484 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLDN9O95484 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77 ms