Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC14.85□□□□□ -0.032e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 POLR1B-209ENST00000448770 2494 ntTSL 1 (best)14.84□□□□□ -0.032e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-208ENST00000399349 5191 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.052e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MAN2A2-206ENST00000558290 1049 ntTSL 514.73□□□□□ -0.052e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SETD6-209ENST00000467320 924 ntTSL 214.66□□□□□ -0.062e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TTC28-205ENST00000469670 574 ntTSL 314.62□□□□□ -0.072e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TRAP1-209ENST00000574175 535 ntTSL 514.6□□□□□ -0.072e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SUPT20H-222ENST00000495071 3669 ntTSL 514.59□□□□□ -0.072e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 KATNB1-202ENST00000562542 512 ntTSL 214.57□□□□□ -0.082e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.082e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 LRP5L-202ENST00000402859 1661 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.082e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MAP4-201ENST00000335271 1564 ntAPPRIS ALT2 TSL 214.51□□□□□ -0.092e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MIER2-201ENST00000264819 6884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.43□□□□□ -0.12e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ESPL1-205ENST00000552462 6447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.122e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 RPLP2-208ENST00000532004 353 ntTSL 314.19□□□□□ -0.142e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MAP4-204ENST00000395734 5590 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.142e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 GRK2-206ENST00000527176 970 ntTSL 214.18□□□□□ -0.142e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ANP32A-208ENST00000495420 707 ntTSL 214.07□□□□□ -0.162e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PNPLA2-203ENST00000526083 465 ntTSL 213.97□□□□□ -0.172e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TP53I13-203ENST00000577934 664 ntTSL 313.82□□□□□ -0.22e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CSNK1E-215ENST00000612795 885 ntTSL 213.81□□□□□ -0.22e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ZNF251-203ENST00000525191 618 ntTSL 313.78□□□□□ -0.22e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 LRP5L-206ENST00000474163 814 ntTSL 513.72□□□□□ -0.212e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MAN2A2-223ENST00000560534 361 ntTSL 513.63□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TP53I13-211ENST00000583940 726 ntAPPRIS ALT2 TSL 313.62□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CALM3-205ENST00000486500 2536 ntTSL 213.61□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 POLR1B-201ENST00000263331 4558 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.242e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MIER2-206ENST00000621180 574 ntTSL 213.51□□□□□ -0.252e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 AP2A2-223ENST00000534485 556 ntTSL 413.42□□□□□ -0.262e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-227ENST00000475422 798 ntTSL 1 (best)13.35□□□□□ -0.272e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SLC22A23-204ENST00000433689 730 ntTSL 213.34□□□□□ -0.272e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 POLR1B-216ENST00000537335 4961 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.292e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 B4GALT1-201ENST00000379731 4201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.292e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 GRK2-210ENST00000531390 524 ntTSL 313.19□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 LRP5L-208ENST00000610821 3602 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MAN2A2-210ENST00000558853 624 ntTSL 313.14□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PEPD-210ENST00000591968 943 ntTSL 213.13□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 NCOR2-206ENST00000418829 563 ntTSL 313.13□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-213ENST00000494541 712 ntTSL 313.11□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-211ENST00000399355 4003 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-201ENST00000356245 2803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.322e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 LRP5L-204ENST00000467672 3605 ntTSL 1 (best)13.01□□□□□ -0.332e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-210ENST00000481355 466 ntTSL 312.99□□□□□ -0.332e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MIER2-204ENST00000592722 563 ntTSL 312.85□□□□□ -0.352e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TMSB10-201ENST00000233143 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.382e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-213ENST00000523519 535 ntTSL 412.62□□□□□ -0.392e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ESPL1-207ENST00000552671 6665 ntTSL 212.56□□□□□ -0.42e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 BECN1-222ENST00000617806 4865 ntTSL 512.54□□□□□ -0.42e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ESPL1-201ENST00000257934 6623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.52□□□□□ -0.42e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MIER2-202ENST00000586994 1002 ntTSL 212.33□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CHFR-216ENST00000538235 687 ntTSL 312.15□□□□□ -0.462e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 NT5DC2-205ENST00000463947 670 ntTSL 312.14□□□□□ -0.475e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 NCOR2-210ENST00000440337 956 ntTSL 312.12□□□□□ -0.472e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FOXP1-205ENST00000468577 1842 ntTSL 5 BASIC12.11□□□□□ -0.472e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MAP4-208ENST00000429422 3724 ntTSL 1 (best)12.11□□□□□ -0.472e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 USP35-207ENST00000530546 2986 ntTSL 1 (best)12.07□□□□□ -0.482e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-201ENST00000379960 3026 ntTSL 1 (best) BASIC11.97□□□□□ -0.492e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PEPD-204ENST00000588328 581 ntTSL 311.9□□□□□ -0.52e-7■■■■■ 27.2
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SF3A3Q12874 GRK2-211ENST00000532099 886 ntTSL 311.76□□□□□ -0.532e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 POLR1B-202ENST00000333990 4376 ntTSL 1 (best)11.69□□□□□ -0.542e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 VARS-228ENST00000495010 1007 ntTSL 511.67□□□□□ -0.542e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 GRK2-212ENST00000532611 410 ntTSL 511.48□□□□□ -0.572e-7■■■■■ 27.2
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SF3A3Q12874 VARS-227ENST00000489979 658 ntTSL 311.34□□□□□ -0.592e-7■■■■■ 27.2
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SF3A3Q12874 FOXP1-209ENST00000475937 4967 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.612e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DDX41-206ENST00000506965 560 ntTSL 511.15□□□□□ -0.622e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DDX41-210ENST00000509576 819 ntTSL 311.15□□□□□ -0.622e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MAP4-205ENST00000420772 3478 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11□□□□□ -0.652e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CSNK1E-211ENST00000451964 873 ntTSL 310.92□□□□□ -0.662e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-231ENST00000489261 1108 ntTSL 1 (best)10.91□□□□□ -0.662e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 USP35-201ENST00000526425 3770 ntTSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.662e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 RPS10-205ENST00000480942 734 ntTSL 210.78□□□□□ -0.682e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 GRK2-205ENST00000526572 789 ntTSL 310.71□□□□□ -0.692e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CALM3-206ENST00000594523 540 ntTSL 4 BASIC10.6□□□□□ -0.712e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 POLR1B-217ENST00000541869 5059 ntTSL 2 BASIC10.59□□□□□ -0.712e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-206ENST00000519832 1173 ntTSL 1 (best)10.51□□□□□ -0.732e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DCAF1-202ENST00000423656 5946 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC10.48□□□□□ -0.732e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 POLR1B-213ENST00000484574 551 ntTSL 210.45□□□□□ -0.742e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MCM3AP-206ENST00000481113 570 ntTSL 210.43□□□□□ -0.742e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-211ENST00000522666 783 ntTSL 310.43□□□□□ -0.742e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DCAF1-201ENST00000335891 4114 ntTSL 5 BASIC10.42□□□□□ -0.742e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PVR-206ENST00000587785 356 ntTSL 310.36□□□□□ -0.752e-6■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 POLR1B-203ENST00000409894 4457 ntTSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.752e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MAP4-207ENST00000426837 8920 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.13□□□□□ -0.792e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 AGAP3-213ENST00000475145 413 ntTSL 210.12□□□□□ -0.792e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 BECN1-212ENST00000589663 489 ntTSL 310.1□□□□□ -0.792e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-210ENST00000522367 580 ntTSL 310.09□□□□□ -0.792e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-203ENST00000507878 577 ntTSL 410.09□□□□□ -0.792e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-204ENST00000517947 558 ntTSL 410.09□□□□□ -0.792e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CALM3-203ENST00000477244 696 ntTSL 39.98□□□□□ -0.812e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DDX41-219ENST00000629036 606 ntTSL 4 BASIC9.97□□□□□ -0.812e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-206ENST00000447681 802 ntTSL 29.95□□□□□ -0.822e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FOXP1-216ENST00000497553 530 ntTSL 49.95□□□□□ -0.822e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DDX41-215ENST00000512431 904 ntTSL 59.91□□□□□ -0.822e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DDX41-203ENST00000504781 618 ntTSL 39.89□□□□□ -0.832e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PFKFB4-214ENST00000490404 849 ntTSL 39.74□□□□□ -0.851e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CALM3-210ENST00000597868 927 ntTSL 39.74□□□□□ -0.852e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CALM3-207ENST00000595072 721 ntTSL 29.69□□□□□ -0.862e-7■■■■■ 27.2
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