Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.32e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.32e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TTC19-206ENST00000475723 2591 ntTSL 223.06■■□□□ 1.282e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 RPLP2-202ENST00000524867 598 ntTSL 222.42■■□□□ 1.182e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.162e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.154e-8■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FIZ1-204ENST00000590714 4686 ntTSL 1 (best)21.93■■□□□ 1.12e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.014e-8■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.975e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.942e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.922e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.912e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-209ENST00000480417 777 ntTSL 220.67■□□□□ 0.92e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.895e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 GNB1-207ENST00000472614 708 ntTSL 220.56■□□□□ 0.882e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CHFR-222ENST00000544093 942 ntTSL 320.47■□□□□ 0.872e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.842e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-212ENST00000485320 2357 ntTSL 520.27■□□□□ 0.832e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.762e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.742e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.732e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PLEKHH3-207ENST00000591490 4339 ntTSL 219.64■□□□□ 0.734e-8■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SMTN-212ENST00000455608 648 ntTSL 319.57■□□□□ 0.722e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.722e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.632e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DNAAF5-204ENST00000438961 579 ntTSL 418.99■□□□□ 0.632e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.622e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-207ENST00000463086 505 ntTSL 518.91■□□□□ 0.622e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.62e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.592e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.592e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.582e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.582e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DNAAF5-203ENST00000437419 585 ntTSL 518.62■□□□□ 0.572e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-207ENST00000520006 754 ntTSL 518.47■□□□□ 0.552e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CSNK1E-207ENST00000430335 996 ntTSL 518.41■□□□□ 0.542e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DNAAF5-205ENST00000440747 2350 ntAPPRIS ALT2 TSL 218.29■□□□□ 0.522e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 RNF166-208ENST00000567408 313 ntTSL 218.27■□□□□ 0.522e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.52e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TUFM-202ENST00000561644 294 ntTSL 218.15■□□□□ 0.52e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.492e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-208ENST00000478319 452 ntTSL 518.12■□□□□ 0.492e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.492e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.492e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.472e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.472e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.462e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.382e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FOXP1-211ENST00000485326 795 ntTSL 317.33■□□□□ 0.362e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-204ENST00000381285 6107 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.342e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 BECN1-203ENST00000543382 2504 ntTSL 217.17■□□□□ 0.342e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.332e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ATP7B-208ENST00000482841 1845 ntTSL 217.1■□□□□ 0.332e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.332e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CHFR-224ENST00000545046 2186 ntTSL 217.02■□□□□ 0.322e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-210ENST00000399353 3913 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.312e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TP53I13-208ENST00000580183 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 516.97■□□□□ 0.312e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CHFR-213ENST00000536843 2424 ntTSL 216.91■□□□□ 0.32e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.32e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 COL9A3-210ENST00000472880 959 ntTSL 316.88■□□□□ 0.292e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.292e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.292e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.272e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.272e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SREBF1-211ENST00000476994 591 ntTSL 216.7■□□□□ 0.262e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 KATNB1-209ENST00000569018 668 ntTSL 216.68■□□□□ 0.262e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PVR-203ENST00000403059 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.262e-6■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 USP35-206ENST00000530535 2125 ntTSL 216.57■□□□□ 0.242e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-212ENST00000522761 1763 ntTSL 216.5■□□□□ 0.232e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.232e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.222e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.22e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-208ENST00000520177 2700 ntTSL 1 (best)16.28■□□□□ 0.22e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PNPLA2-204ENST00000529255 1301 ntTSL 1 (best)16.18■□□□□ 0.182e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PVR-202ENST00000344956 3166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.162e-6■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TUBGCP3-201ENST00000261965 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.162e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FBXO41-201ENST00000295133 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.155e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.152e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 CPT1A-207ENST00000561996 559 ntTSL 415.94■□□□□ 0.142e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PVR-201ENST00000187830 3132 ntTSL 215.93■□□□□ 0.142e-6■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TP53I13-210ENST00000582829 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 515.55■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FOXP1-202ENST00000318789 7114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 FOXP1-222ENST00000615603 7140 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.082e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 AGAP3-225ENST00000498559 581 ntTSL 215.47■□□□□ 0.072e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 USP35-202ENST00000528910 1209 ntTSL 1 (best)15.46■□□□□ 0.072e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 RNF166-207ENST00000565083 588 ntTSL 315.45■□□□□ 0.062e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TP53I13-207ENST00000580132 446 ntTSL 315.4■□□□□ 0.062e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 PVR-205ENST00000425690 3325 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 AP2A2-221ENST00000531548 554 ntTSL 415.38■□□□□ 0.052e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ZNF251-201ENST00000292562 2807 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.052e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.042e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 ZNF251-202ENST00000524394 315 ntTSL 515.3■□□□□ 0.042e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 DDX41-217ENST00000515562 1184 ntTSL 1 (best)15.05■□□□□ -02e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 SMTN-213ENST00000460658 5080 ntTSL 514.99□□□□□ -0.012e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 G3BP1-209ENST00000520578 530 ntTSL 314.9□□□□□ -0.022e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 TP53I13-205ENST00000578749 1050 ntAPPRIS ALT2 TSL 314.89□□□□□ -0.032e-7■■■■■ 27.2
SF3A3Q12874 MIER2-203ENST00000587966 462 ntTSL 514.89□□□□□ -0.032e-7■■■■■ 27.2
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