RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000472880.1

COL9A3-210, Transcript of collagen type IX alpha 3 chain, humanhuman

TSL 3

Gene COL9A3, Length 959 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3-210ENST00000472880 NISCHQ9Y2I1 1504 aa49.34■■■■■ 5.49
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COL9A3-210ENST00000472880 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa42.07■■■■■ 4.33
COL9A3-210ENST00000472880 NACADO15069 1562 aa41.8■■■■■ 4.28
COL9A3-210ENST00000472880 DCAF8L2P0C7V8 631 aa41.54■■■■■ 4.24
COL9A3-210ENST00000472880 MYO15BQ96JP2 1530 aa41.25■■■■■ 4.19
COL9A3-210ENST00000472880 DNAJC5BQ9UF47 199 aa41.1■■■■■ 4.17
COL9A3-210ENST00000472880 UNC13AQ9UPW8 1703 aa41.1■■■■■ 4.17
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COL9A3-210ENST00000472880 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa40.78■■■■■ 4.12
COL9A3-210ENST00000472880 SCRIBQ14160 1630 aa40.34■■■■■ 4.05
COL9A3-210ENST00000472880 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa40.32■■■■■ 4.05
COL9A3-210ENST00000472880 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa39.84■■■■□ 3.97
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COL9A3-210ENST00000472880 CECR2Q9BXF3 1484 aa39.7■■■■□ 3.95
COL9A3-210ENST00000472880 NCAPD3P42695 1498 aa38.54■■■■□ 3.76
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COL9A3-210ENST00000472880 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa38.46■■■■□ 3.75
COL9A3-210ENST00000472880 SMARCA2P51531 1590 aa38.4■■■■□ 3.74
COL9A3-210ENST00000472880 HMGXB3Q12766 1538 aa38.33■■■■□ 3.73
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COL9A3-210ENST00000472880 PEG3Q9GZU2 1588 aa38.1■■■■□ 3.69
COL9A3-210ENST00000472880 ERCC6Q03468 1493 aa38.09■■■■□ 3.69
COL9A3-210ENST00000472880 MROH2BQ7Z745 1585 aa38.01■■■■□ 3.67
COL9A3-210ENST00000472880 CUX2O14529 1486 aa37.96■■■■□ 3.67
COL9A3-210ENST00000472880 NESP48681 1621 aa37.89■■■■□ 3.66
COL9A3-210ENST00000472880 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa37.71■■■■□ 3.63
COL9A3-210ENST00000472880 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa37.68■■■■□ 3.62
COL9A3-210ENST00000472880 WIZO95785 1651 aa37.58■■■■□ 3.61
COL9A3-210ENST00000472880 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP37.54■■■■□ 3.6
COL9A3-210ENST00000472880 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa37.47■■■■□ 3.59
COL9A3-210ENST00000472880 PDS5BQ9NTI5 1447 aa37.46■■■■□ 3.59
COL9A3-210ENST00000472880 CADPSQ9ULU8 1353 aa37.38■■■■□ 3.57
COL9A3-210ENST00000472880 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP37.26■■■■□ 3.55
COL9A3-210ENST00000472880 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP37.15■■■■□ 3.54
COL9A3-210ENST00000472880 MRC2Q9UBG0 1479 aa37.14■■■■□ 3.54
COL9A3-210ENST00000472880 WDR62O43379 1518 aa37.05■■■■□ 3.52
COL9A3-210ENST00000472880 CEP164Q9UPV0 1460 aa37.04■■■■□ 3.52
COL9A3-210ENST00000472880 CFTRP13569 1480 aa37■■■■□ 3.51
COL9A3-210ENST00000472880 FANCD2Q9BXW9 1451 aa36.99■■■■□ 3.51
COL9A3-210ENST00000472880 PRDM2Q13029 1718 aa36.72■■■■□ 3.47
COL9A3-210ENST00000472880 CCDC88BA6NC98 1476 aa36.67■■■■□ 3.46
COL9A3-210ENST00000472880 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP36.66■■■■□ 3.46
COL9A3-210ENST00000472880 TOPBP1Q92547 1522 aa36.3■■■■□ 3.4
COL9A3-210ENST00000472880 IFT140Q96RY7 1462 aa36.28■■■■□ 3.4
COL9A3-210ENST00000472880 ABCC8Q09428 1581 aa36.24■■■■□ 3.39
COL9A3-210ENST00000472880 DNMBPQ6XZF7 1577 aa36.21■■■■□ 3.39
COL9A3-210ENST00000472880 OSCARQ8IYS5 282 aa36.19■■■■□ 3.38
COL9A3-210ENST00000472880 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP36.17■■■■□ 3.38
COL9A3-210ENST00000472880 TRIM41Q8WV44 630 aa36.14■■■■□ 3.38
COL9A3-210ENST00000472880 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP36.05■■■■□ 3.36
COL9A3-210ENST00000472880 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP35.97■■■■□ 3.35
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COL9A3-210ENST00000472880 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP35.85■■■■□ 3.33
COL9A3-210ENST00000472880 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa35.78■■■■□ 3.32
COL9A3-210ENST00000472880 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa35.76■■■■□ 3.32
COL9A3-210ENST00000472880 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa35.76■■■■□ 3.32
COL9A3-210ENST00000472880 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa35.76■■■■□ 3.32
COL9A3-210ENST00000472880 SOGA1O94964 1423 aa35.75■■■■□ 3.31
COL9A3-210ENST00000472880 CHD1O14646 1710 aa35.74■■■■□ 3.31
COL9A3-210ENST00000472880 FGD5Q6ZNL6 1462 aa35.74■■■■□ 3.31
COL9A3-210ENST00000472880 CUX1P39880 1505 aa35.73■■■■□ 3.31
COL9A3-210ENST00000472880 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP35.71■■■■□ 3.31
COL9A3-210ENST00000472880 WDR97A6NE52 1622 aa35.67■■■■□ 3.3
COL9A3-210ENST00000472880 ARHGEF11O15085 1522 aa35.67■■■■□ 3.3
COL9A3-210ENST00000472880 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP35.64■■■■□ 3.3
COL9A3-210ENST00000472880 FBLN2P98095 1184 aa35.6■■■■□ 3.29
COL9A3-210ENST00000472880 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa35.54■■■■□ 3.28
COL9A3-210ENST00000472880 GRIN2BQ13224 1484 aa35.46■■■■□ 3.27
COL9A3-210ENST00000472880 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP35.46■■■■□ 3.27
COL9A3-210ENST00000472880 PBRM1Q86U86 1689 aa35.37■■■■□ 3.25
COL9A3-210ENST00000472880 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP35.36■■■■□ 3.25
COL9A3-210ENST00000472880 GAPVD1Q14C86 1478 aa35.35■■■■□ 3.25
COL9A3-210ENST00000472880 SYNJ1O43426 1573 aa35.34■■■■□ 3.25
COL9A3-210ENST00000472880 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa35.34■■■■□ 3.25
COL9A3-210ENST00000472880 CYB5RLQ6IPT4 315 aa35.33■■■■□ 3.25
COL9A3-210ENST00000472880 SYNJ2O15056 1496 aa35.33■■■■□ 3.25
COL9A3-210ENST00000472880 CLASP1Q7Z460 1538 aa35.32■■■■□ 3.24
COL9A3-210ENST00000472880 ARAP1Q96P48 1450 aa35.31■■■■□ 3.24
COL9A3-210ENST00000472880 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa35.3■■■■□ 3.24
COL9A3-210ENST00000472880 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP35.23■■■■□ 3.23
COL9A3-210ENST00000472880 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa35.22■■■■□ 3.23
COL9A3-210ENST00000472880 TOP2BQ02880 1626 aa35.21■■■■□ 3.23
COL9A3-210ENST00000472880 ADAMTS12P58397 1594 aa35.04■■■■□ 3.2
COL9A3-210ENST00000472880 GRIN2AQ12879 1464 aa35.01■■■■□ 3.19
COL9A3-210ENST00000472880 TRHP20396 242 aaPredicted RBP34.93■■■■□ 3.18
COL9A3-210ENST00000472880 ERICH3Q5RHP9 1530 aa34.91■■■■□ 3.18
COL9A3-210ENST00000472880 FHAD1B1AJZ9 1412 aa34.9■■■■□ 3.18
COL9A3-210ENST00000472880 CEP170Q5SW79 1584 aa34.87■■■■□ 3.17
COL9A3-210ENST00000472880 NUP160Q12769 1436 aa34.87■■■■□ 3.17
COL9A3-210ENST00000472880 ERCC6L2Q5T890 1561 aa34.74■■■■□ 3.15
COL9A3-210ENST00000472880 SHROOM2Q13796 1616 aa34.72■■■■□ 3.15
COL9A3-210ENST00000472880 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa34.55■■■■□ 3.12
COL9A3-210ENST00000472880 KIF27Q86VH2 1401 aa34.52■■■■□ 3.12
COL9A3-210ENST00000472880 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP34.52■■■■□ 3.12
COL9A3-210ENST00000472880 CUL7Q14999 1698 aa34.47■■■■□ 3.11
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