Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 MYBBP1A-202ENST00000381556 4104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.65□□□□□ -0.717e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 MYBBP1A-207ENST00000573116 3795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)10.63□□□□□ -0.717e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PEX5-216ENST00000543974 548 ntTSL 510.61□□□□□ -0.717e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 EIF4B-203ENST00000420463 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.56□□□□□ -0.727e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 NRDE2-209ENST00000612614 3538 nt10.55□□□□□ -0.727e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 TOMM5-204ENST00000540941 3071 ntTSL 1 (best)10.42□□□□□ -0.747e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 DNAJB14-201ENST00000334223 2617 ntTSL 1 (best)10.36□□□□□ -0.757e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 DNAJB14-204ENST00000426476 662 ntTSL 310.35□□□□□ -0.757e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PAAF1-210ENST00000541951 1383 ntTSL 2 BASIC10.35□□□□□ -0.757e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF707-216ENST00000530341 489 ntTSL 410.31□□□□□ -0.767e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 EIF4B-202ENST00000416762 1985 ntTSL 2 BASIC10.31□□□□□ -0.767e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-212ENST00000555602 868 ntTSL 1 (best)10.02□□□□□ -0.817e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PEX5-220ENST00000545845 562 ntTSL 49.92□□□□□ -0.827e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 TJAP1-213ENST00000483640 3468 ntTSL 59.9□□□□□ -0.827e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 TJAP1-215ENST00000612912 4312 ntTSL 2 BASIC9.74□□□□□ -0.857e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PAAF1-216ENST00000546039 805 ntTSL 39.68□□□□□ -0.867e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PHF3-201ENST00000262043 8233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.53□□□□□ -0.887e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-209ENST00000554582 888 ntTSL 59.48□□□□□ -0.897e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 CCNC-211ENST00000521017 579 ntTSL 49.37□□□□□ -0.911e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNRF1-204ENST00000566244 3980 nt9.32□□□□□ -0.927e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PHF3-208ENST00000506783 3700 ntTSL 1 (best)9.23□□□□□ -0.937e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PHF5A-201ENST00000216252 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.19□□□□□ -0.947e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 CCNC-203ENST00000369220 2118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.19□□□□□ -0.941e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 LRRC37A4P-202ENST00000581296 5372 ntBASIC8.98□□□□□ -0.977e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 CCNC-205ENST00000484049 1412 ntTSL 58.96□□□□□ -0.981e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-219ENST00000556797 1311 ntTSL 2 BASIC8.87□□□□□ -0.997e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 RBM48-201ENST00000265732 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.85□□□□□ -0.997e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-221ENST00000557363 571 ntTSL 48.62□□□□□ -1.037e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-218ENST00000556659 595 ntTSL 48.62□□□□□ -1.037e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PAAF1-208ENST00000536582 582 ntTSL 28.6□□□□□ -1.037e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 AC005520.1-201ENST00000556551 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.53□□□□□ -1.047e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 DNAJB14-202ENST00000398991 842 ntTSL 58.39□□□□□ -1.077e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 TAF4-207ENST00000608887 284 ntTSL 48.28□□□□□ -1.085e-9■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-224ENST00000615736 1551 ntTSL 5 BASIC8.06□□□□□ -1.127e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 FNTB-202ENST00000554210 575 ntTSL 47.96□□□□□ -1.147e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-205ENST00000442160 2076 ntTSL 1 (best) BASIC7.91□□□□□ -1.147e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNRF1-203ENST00000564320 607 ntTSL 37.9□□□□□ -1.147e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 CCNC-215ENST00000523799 1035 ntTSL 3 BASIC7.7□□□□□ -1.181e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 EIF4B-213ENST00000552490 841 ntTSL 27.59□□□□□ -1.197e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 EIF4B-201ENST00000262056 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.55□□□□□ -1.27e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-222ENST00000557495 587 ntTSL 47.5□□□□□ -1.217e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 DDX18-204ENST00000474694 1083 ntTSL 57.39□□□□□ -1.237e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PAAF1-202ENST00000376384 1500 ntTSL 5 BASIC7.37□□□□□ -1.237e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 CCNC-201ENST00000326298 2212 ntTSL 1 (best)7.28□□□□□ -1.241e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 CCNC-204ENST00000482541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC7.1□□□□□ -1.271e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-204ENST00000412490 1419 ntTSL 57.08□□□□□ -1.287e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-207ENST00000541357 1212 ntTSL 26.89□□□□□ -1.317e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-202ENST00000334521 2193 ntTSL 5 BASIC6.76□□□□□ -1.337e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 GYPB-206ENST00000506516 473 ntTSL 1 (best)6.62□□□□□ -1.357e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 EFCAB14-204ENST00000481623 614 ntTSL 26.48□□□□□ -1.377e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-203ENST00000398139 2461 ntTSL 1 (best)6.32□□□□□ -1.47e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 DDX18-201ENST00000263239 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.07□□□□□ -1.447e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PAAF1-212ENST00000543079 390 ntTSL 36□□□□□ -1.457e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF638-218ENST00000486494 973 ntTSL 25.93□□□□□ -1.469e-15■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PDS5A-204ENST00000503867 640 ntTSL 25.93□□□□□ -1.467e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 EFCAB14-205ENST00000484461 972 ntTSL 35.93□□□□□ -1.467e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 DLG1-214ENST00000447466 858 ntTSL 1 (best)5.81□□□□□ -1.487e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 TMEM260-209ENST00000556079 596 ntTSL 25.66□□□□□ -1.57e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 GYPB-204ENST00000504951 632 ntTSL 1 (best)5.58□□□□□ -1.527e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 RBM48-202ENST00000481551 4093 ntTSL 1 (best) BASIC5.51□□□□□ -1.537e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 NRDE2-201ENST00000354366 14208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.47□□□□□ -1.537e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 DLG1-225ENST00000477312 732 ntTSL 35.46□□□□□ -1.547e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ACTL6A-204ENST00000461125 457 ntTSL 25.33□□□□□ -1.567e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 TMEM260-212ENST00000556810 662 ntTSL 35.33□□□□□ -1.567e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 GYPB-213ENST00000513128 360 ntTSL 1 (best) BASIC5.29□□□□□ -1.567e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 GYPB-205ENST00000505583 583 ntTSL 1 (best)5.29□□□□□ -1.567e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 GYPB-215ENST00000513677 221 ntTSL 1 (best)5.26□□□□□ -1.577e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 GYPB-208ENST00000507009 388 ntTSL 1 (best)5.26□□□□□ -1.577e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 SECISBP2L-204ENST00000557940 410 ntTSL 25.19□□□□□ -1.587e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 RNF19A-205ENST00000519449 4330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.14□□□□□ -1.597e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 DNAJB14-211ENST00000493110 408 ntTSL 55.14□□□□□ -1.597e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 RNF19A-215ENST00000524233 571 ntTSL 35.09□□□□□ -1.597e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 CCNC-206ENST00000486428 849 ntTSL 35.05□□□□□ -1.61e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PHF5A-202ENST00000459687 504 ntTSL 35.02□□□□□ -1.617e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ZNF410-211ENST00000555044 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.01□□□□□ -1.617e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 CDC123-205ENST00000442050 564 ntTSL 55□□□□□ -1.617e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 U2SURP-205ENST00000467348 1267 ntTSL 54.96□□□□□ -1.627e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 ACTL6A-209ENST00000484312 316 ntTSL 34.95□□□□□ -1.627e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PHF3-210ENST00000509876 7124 ntTSL 1 (best)4.95□□□□□ -1.627e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 TMEM260-205ENST00000554981 549 ntTSL 44.94□□□□□ -1.627e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 PDS5A-209ENST00000512643 581 ntTSL 44.88□□□□□ -1.637e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 GYPB-212ENST00000511198 444 ntTSL 1 (best)4.85□□□□□ -1.637e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 DDX18-206ENST00000489933 720 ntTSL 24.84□□□□□ -1.637e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 DLG1-218ENST00000453607 539 ntTSL 44.69□□□□□ -1.667e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 CCNC-212ENST00000523310 481 ntTSL 34.67□□□□□ -1.661e-7■■■■■ 35
SF3B4Q15427 DNAJB14-210ENST00000474664 960 ntTSL 24.59□□□□□ -1.677e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 RYK-202ENST00000464879 392 ntTSL 24.58□□□□□ -1.687e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 GYPB-202ENST00000502664 521 ntTSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.687e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 MATR3-219ENST00000512040 642 ntTSL 34.44□□□□□ -1.77e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 G2E3-211ENST00000552515 367 ntTSL 34.39□□□□□ -1.717e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 SMC4-224ENST00000494612 622 ntTSL 34.37□□□□□ -1.717e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 SECISBP2L-210ENST00000561203 472 ntTSL 24.33□□□□□ -1.727e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 U2SURP-202ENST00000461844 556 ntTSL 34.28□□□□□ -1.727e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 SMC4-207ENST00000467263 401 ntTSL 24.27□□□□□ -1.737e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 EFCAB14-203ENST00000479745 804 ntTSL 24.22□□□□□ -1.737e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 G2E3-201ENST00000206595 5804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.11□□□□□ -1.757e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 GYPB-214ENST00000513557 277 ntTSL 1 (best)3.79□□□□□ -1.87e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 G2E3-203ENST00000544007 1003 ntTSL 23.74□□□□□ -1.817e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 GYPB-203ENST00000503255 486 ntTSL 1 (best)3.71□□□□□ -1.827e-8■■■■■ 35
SF3B4Q15427 GYPB-209ENST00000508618 388 ntTSL 23.47□□□□□ -1.857e-8■■■■■ 35
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