Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 EIF4G1-201ENST00000342981 5667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.172e-6■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 EIF4G1-222ENST00000442406 5129 ntTSL 1 (best)15.35■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 EIF4G1-207ENST00000411531 4683 ntTSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 EIF4G1-205ENST00000382330 5129 ntTSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.152e-6■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 GRAMD1A-207ENST00000598118 2277 ntTSL 1 (best)20.82■□□□□ 0.929e-7■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 SAFB-207ENST00000589863 2708 ntTSL 218.41■□□□□ 0.541e-7■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 SAFB-205ENST00000588852 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.261e-7■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.221e-7■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 SAFB-201ENST00000292123 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.151e-7■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 SAFB-211ENST00000592224 3014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.081e-7■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 RNF149-202ENST00000424632 2010 ntTSL 221.08■□□□□ 0.979e-14■■■■■ 34.5
SF3A3Q12874 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.492e-9■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.162e-9■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.052e-9■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.922e-9■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 TMEM44-207ENST00000430601 682 ntTSL 317.89■□□□□ 0.452e-9■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.362e-9■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.152e-9■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 TMEM44-205ENST00000419280 1212 ntTSL 513.82□□□□□ -0.22e-9■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 TMEM44-214ENST00000494894 859 ntTSL 313.33□□□□□ -0.282e-9■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 SRSF1-202ENST00000578430 689 ntTSL 212.92□□□□□ -0.342e-17■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 NDRG1-226ENST00000523642 507 ntTSL 311.03□□□□□ -0.641e-20■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 EXOSC7-207ENST00000481405 768 ntTSL 326.34■■□□□ 1.812e-8■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 CLEC3B-203ENST00000490386 708 ntTSL 324.9■■□□□ 1.582e-8■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.176e-7■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 SLCO2B1-217ENST00000532236 2593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.046e-7■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 SLCO2B1-203ENST00000428359 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.036e-7■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 SLCO2B1-216ENST00000531756 1720 ntTSL 215.15■□□□□ 0.026e-7■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 SLCO2B1-212ENST00000530015 5875 ntTSL 214.46□□□□□ -0.096e-7■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 EXOSC7-203ENST00000461361 1593 ntTSL 214.13□□□□□ -0.152e-8■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 EXOSC7-210ENST00000491476 1395 ntTSL 513.51□□□□□ -0.252e-8■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 SLCO2B1-204ENST00000454962 3219 ntTSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.366e-7■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 EXOSC7-201ENST00000265564 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.72□□□□□ -0.692e-8■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 EXOSC7-209ENST00000486727 1647 ntTSL 210.47□□□□□ -0.732e-8■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 SLCO2B1-201ENST00000289575 4494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.3□□□□□ -0.766e-7■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 EXOSC7-205ENST00000468667 831 ntTSL 510.19□□□□□ -0.782e-8■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 SLCO2B1-211ENST00000530012 757 ntTSL 410.13□□□□□ -0.796e-7■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 EXOSC7-208ENST00000482004 559 ntTSL 48.38□□□□□ -1.072e-8■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 MIR3609-201ENST00000582661 80 ntBASIC3.39□□□□□ -1.871e-71■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 AP3D1-203ENST00000585652 4433 ntTSL 214.32□□□□□ -0.121e-6■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 AP3D1-206ENST00000589223 3357 ntTSL 213.28□□□□□ -0.281e-6■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 SCARNA17-201ENST00000516183 144 ntBASIC-1.27□□□□□ -2.611e-323■■■■■ 34.4
SF3A3Q12874 SMARCA4-216ENST00000591545 5193 ntTSL 214.33□□□□□ -0.124e-6■■■■■ 34.3
SF3A3Q12874 DDX11-218ENST00000542129 1561 ntTSL 216.35■□□□□ 0.211e-6■■■■■ 34.3
SF3A3Q12874 NPHP4-209ENST00000489180 5548 ntTSL 219.71■□□□□ 0.756e-7■■■■■ 34.3
SF3A3Q12874 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.386e-7■■■■■ 34.3
SF3A3Q12874 NPHP4-201ENST00000378156 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.216e-7■■■■■ 34.3
SF3A3Q12874 NPHP4-208ENST00000478423 4467 ntTSL 215.45■□□□□ 0.066e-7■■■■■ 34.3
SF3A3Q12874 NPHP4-203ENST00000378169 4213 ntTSL 1 (best)14.5□□□□□ -0.096e-7■■■■■ 34.3
SF3A3Q12874 PFKFB4-210ENST00000468162 576 ntTSL 56.47□□□□□ -1.371e-7■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 HDAC1-209ENST00000484305 561 ntTSL 511.43□□□□□ -0.581e-15■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.044e-10■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 SNHG12-206ENST00000474814 1903 ntTSL 218.51■□□□□ 0.554e-10■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 SNHG12-201ENST00000461448 1629 ntTSL 1 (best)18.47■□□□□ 0.554e-10■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 SNHG12-208ENST00000481220 751 ntTSL 315.92■□□□□ 0.144e-10■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 SNHG12-209ENST00000481368 1588 ntTSL 1 (best)12.73□□□□□ -0.374e-10■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC12.35□□□□□ -0.434e-10■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 SNHG12-205ENST00000470977 1098 ntTSL 1 (best)11.2□□□□□ -0.624e-10■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 SNHG12-211ENST00000488745 1365 ntTSL 1 (best) BASIC9.97□□□□□ -0.814e-10■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 LTBP3-211ENST00000528966 553 ntTSL 413.93□□□□□ -0.183e-6■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 LTBP3-215ENST00000529764 528 ntTSL 55.77□□□□□ -1.493e-6■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 NUP85-206ENST00000577645 869 ntTSL 38.95□□□□□ -0.984e-8■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 NUP85-212ENST00000579557 817 ntTSL 58.62□□□□□ -1.034e-8■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 NUP85-208ENST00000578830 922 ntTSL 58.24□□□□□ -1.094e-8■■■■■ 34.2
SF3A3Q12874 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.426e-7■■■■■ 34.1
SF3A3Q12874 RPTOR-209ENST00000575542 5536 ntTSL 1 (best)16.6■□□□□ 0.253e-6■■■■■ 34.1
SF3A3Q12874 RPTOR-201ENST00000306801 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.223e-6■■■■■ 34.1
SF3A3Q12874 RPTOR-202ENST00000544334 5734 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.183e-6■■■■■ 34.1
SF3A3Q12874 E4F1-203ENST00000563643 793 ntTSL 315.82■□□□□ 0.129e-8■■■■■ 34.1
SF3A3Q12874 E4F1-205ENST00000564930 297 ntTSL 315.65■□□□□ 0.19e-8■■■■■ 34.1
SF3A3Q12874 DENND4B-210ENST00000485359 891 ntTSL 212.14□□□□□ -0.475e-13■■■■■ 34.1
SF3A3Q12874 FN1-226ENST00000496542 695 ntTSL 211.14□□□□□ -0.632e-13■■■■■ 34.1
SF3A3Q12874 PLXNB2-202ENST00000411680 704 ntTSL 215.11■□□□□ 0.011e-7■■■■■ 34.1
SF3A3Q12874 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.931e-6■■■■■ 34
SF3A3Q12874 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.931e-6■■■■■ 34
SF3A3Q12874 RBM6-202ENST00000419610 2128 ntTSL 221.29■■□□□ 11e-8■■■■■ 34
SF3A3Q12874 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.951e-8■■■■■ 34
SF3A3Q12874 RBM6-209ENST00000441115 1876 ntTSL 218.35■□□□□ 0.531e-8■■■■■ 34
SF3A3Q12874 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.51e-8■■■■■ 34
SF3A3Q12874 RBM6-201ENST00000266022 3750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.151e-8■■■■■ 34
SF3A3Q12874 RBM6-211ENST00000443081 4010 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 01e-8■■■■■ 34
SF3A3Q12874 RBM6-213ENST00000454079 4324 ntTSL 212.14□□□□□ -0.471e-8■■■■■ 34
SF3A3Q12874 PKM-214ENST00000565143 2301 ntTSL 1 (best)13.5□□□□□ -0.254e-7■■■■■ 34
SF3A3Q12874 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.073e-6■■■■■ 34
SF3A3Q12874 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.33e-6■■■■■ 34
SF3A3Q12874 UNKL-207ENST00000403703 4281 ntTSL 1 (best)15.09■□□□□ 0.013e-6■■■■■ 34
SF3A3Q12874 PRKAA2-202ENST00000610361 9280 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC4.76□□□□□ -1.652e-7■■■■■ 34
SF3A3Q12874 SMC4-225ENST00000497203 490 ntTSL 34.58□□□□□ -1.686e-7■■■■■ 34
SF3A3Q12874 SMC4-203ENST00000462668 4235 ntTSL 23.31□□□□□ -1.886e-7■■■■■ 34
SF3A3Q12874 PRKAA2-201ENST00000371244 9347 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.02□□□□□ -1.932e-7■■■■■ 34
SF3A3Q12874 DOCK5-205ENST00000467709 4844 ntTSL 58.06□□□□□ -1.121e-7■■■■■ 33.9
SF3A3Q12874 TUBG1-205ENST00000591509 847 ntTSL 316.02■□□□□ 0.162e-6■■■■■ 33.9
SF3A3Q12874 RABGGTA-219ENST00000560871 886 ntTSL 514.1□□□□□ -0.151e-7■■■■■ 33.9
SF3A3Q12874 TKFC-210ENST00000529479 1781 ntTSL 1 (best)20.44■□□□□ 0.864e-7■■■■■ 33.9
SF3A3Q12874 TKFC-201ENST00000394900 4696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.014e-7■■■■■ 33.9
SF3A3Q12874 ING5-206ENST00000482774 2376 ntTSL 319.3■□□□□ 0.684e-6■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.394e-6■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 ING5-209ENST00000489509 920 ntTSL 213.24□□□□□ -0.294e-6■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.11e-10■■■■■ 33.8
SF3A3Q12874 NDRG2-220ENST00000553784 943 ntTSL 214.75□□□□□ -0.051e-10■■■■■ 33.8
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