Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
DDX28Q9NUL7 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
DDX28Q9NUL7 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
DDX28Q9NUL7 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
DDX28Q9NUL7 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
DDX28Q9NUL7 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
DDX28Q9NUL7 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms