Protein–RNA interactions for Protein: P55072

VCP, Transitional endoplasmic reticulum ATPase, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 806 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCPP55072 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
VCPP55072 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
VCPP55072 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VCPP55072 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VCPP55072 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
VCPP55072 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
VCPP55072 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
VCPP55072 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
VCPP55072 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
VCPP55072 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
VCPP55072 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
VCPP55072 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
VCPP55072 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
VCPP55072 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
VCPP55072 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
VCPP55072 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
VCPP55072 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
VCPP55072 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
VCPP55072 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
VCPP55072 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.5■■■□□ 2.15
VCPP55072 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
VCPP55072 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
VCPP55072 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
VCPP55072 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VCPP55072 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VCPP55072 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
VCPP55072 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
VCPP55072 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
VCPP55072 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
VCPP55072 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
VCPP55072 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
VCPP55072 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
VCPP55072 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
VCPP55072 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
VCPP55072 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
VCPP55072 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
VCPP55072 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
VCPP55072 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
VCPP55072 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
VCPP55072 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
VCPP55072 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
VCPP55072 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
VCPP55072 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
VCPP55072 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
VCPP55072 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
VCPP55072 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
VCPP55072 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
VCPP55072 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
VCPP55072 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCPP55072 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCPP55072 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCPP55072 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCPP55072 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
VCPP55072 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
VCPP55072 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VCPP55072 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.29■■■□□ 2.12
VCPP55072 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
VCPP55072 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
VCPP55072 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
VCPP55072 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
VCPP55072 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VCPP55072 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
VCPP55072 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VCPP55072 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VCPP55072 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
VCPP55072 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VCPP55072 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
VCPP55072 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VCPP55072 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VCPP55072 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
VCPP55072 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VCPP55072 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VCPP55072 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VCPP55072 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
VCPP55072 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
VCPP55072 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
VCPP55072 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
VCPP55072 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
VCPP55072 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VCPP55072 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VCPP55072 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
VCPP55072 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
VCPP55072 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
VCPP55072 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
VCPP55072 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
VCPP55072 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
VCPP55072 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
VCPP55072 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
VCPP55072 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
VCPP55072 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
VCPP55072 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
VCPP55072 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
VCPP55072 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
VCPP55072 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
VCPP55072 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
VCPP55072 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
VCPP55072 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
VCPP55072 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
VCPP55072 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
VCPP55072 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms