Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP3Q9Y6I4 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP3Q9Y6I4 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP3Q9Y6I4 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP3Q9Y6I4 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP3Q9Y6I4 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
USP3Q9Y6I4 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP3Q9Y6I4 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP3Q9Y6I4 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP3Q9Y6I4 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP3Q9Y6I4 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP3Q9Y6I4 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP3Q9Y6I4 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP3Q9Y6I4 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP3Q9Y6I4 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP3Q9Y6I4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP3Q9Y6I4 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP3Q9Y6I4 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP3Q9Y6I4 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP3Q9Y6I4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP3Q9Y6I4 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP3Q9Y6I4 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP3Q9Y6I4 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP3Q9Y6I4 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP3Q9Y6I4 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP3Q9Y6I4 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP3Q9Y6I4 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP3Q9Y6I4 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP3Q9Y6I4 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP3Q9Y6I4 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP3Q9Y6I4 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP3Q9Y6I4 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP3Q9Y6I4 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP3Q9Y6I4 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP3Q9Y6I4 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP3Q9Y6I4 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
USP3Q9Y6I4 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
USP3Q9Y6I4 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP3Q9Y6I4 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP3Q9Y6I4 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP3Q9Y6I4 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP3Q9Y6I4 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP3Q9Y6I4 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP3Q9Y6I4 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
USP3Q9Y6I4 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP3Q9Y6I4 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP3Q9Y6I4 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP3Q9Y6I4 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP3Q9Y6I4 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP3Q9Y6I4 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
USP3Q9Y6I4 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP3Q9Y6I4 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
USP3Q9Y6I4 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP3Q9Y6I4 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP3Q9Y6I4 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
USP3Q9Y6I4 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP3Q9Y6I4 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP3Q9Y6I4 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP3Q9Y6I4 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP3Q9Y6I4 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.1 ms