Protein–RNA interactions for Protein: Q9UI33

SCN11A, Sodium channel protein type 11 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,791 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN11AQ9UI33 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
SCN11AQ9UI33 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
SCN11AQ9UI33 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC35.68■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC35.68■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC35.67■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC35.67■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC35.66■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.64■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC35.64■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
SCN11AQ9UI33 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
SCN11AQ9UI33 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC35.62■■■■□ 3.29
SCN11AQ9UI33 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
SCN11AQ9UI33 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
SCN11AQ9UI33 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
SCN11AQ9UI33 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.58■■■■□ 3.29
SCN11AQ9UI33 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
SCN11AQ9UI33 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.29
SCN11AQ9UI33 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.56■■■■□ 3.28
SCN11AQ9UI33 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.56■■■■□ 3.28
SCN11AQ9UI33 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
SCN11AQ9UI33 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
SCN11AQ9UI33 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC35.52■■■■□ 3.28
SCN11AQ9UI33 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.52■■■■□ 3.28
SCN11AQ9UI33 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.52■■■■□ 3.28
SCN11AQ9UI33 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC35.49■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC35.48■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC35.48■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC35.48■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC35.46■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC35.45■■■■□ 3.27
SCN11AQ9UI33 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.44■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC35.43■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC35.43■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC35.42■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC35.41■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC35.4■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC35.4■■■■□ 3.26
SCN11AQ9UI33 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.38■■■■□ 3.25
SCN11AQ9UI33 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC35.37■■■■□ 3.25
SCN11AQ9UI33 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC35.37■■■■□ 3.25
SCN11AQ9UI33 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
SCN11AQ9UI33 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC35.36■■■■□ 3.25
SCN11AQ9UI33 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
SCN11AQ9UI33 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
SCN11AQ9UI33 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
SCN11AQ9UI33 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCN11AQ9UI33 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCN11AQ9UI33 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
SCN11AQ9UI33 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.24
SCN11AQ9UI33 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
SCN11AQ9UI33 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
SCN11AQ9UI33 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC35.3■■■■□ 3.24
SCN11AQ9UI33 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
SCN11AQ9UI33 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
SCN11AQ9UI33 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC35.28■■■■□ 3.24
SCN11AQ9UI33 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
SCN11AQ9UI33 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.28■■■■□ 3.24
SCN11AQ9UI33 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
SCN11AQ9UI33 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.27■■■■□ 3.24
SCN11AQ9UI33 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC35.26■■■■□ 3.24
SCN11AQ9UI33 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC35.22■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC35.22■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC35.21■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
SCN11AQ9UI33 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC35.2■■■■□ 3.22
SCN11AQ9UI33 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC35.19■■■■□ 3.22
SCN11AQ9UI33 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
SCN11AQ9UI33 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms