Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC28BQ9BUN5 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC28BQ9BUN5 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC28BQ9BUN5 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC28BQ9BUN5 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC28BQ9BUN5 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC28BQ9BUN5 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC28BQ9BUN5 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC28BQ9BUN5 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC28BQ9BUN5 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC28BQ9BUN5 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC28BQ9BUN5 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC28BQ9BUN5 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC28BQ9BUN5 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC28BQ9BUN5 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC28BQ9BUN5 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC28BQ9BUN5 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC28BQ9BUN5 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC28BQ9BUN5 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC28BQ9BUN5 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC28BQ9BUN5 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC28BQ9BUN5 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC28BQ9BUN5 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC28BQ9BUN5 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC28BQ9BUN5 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC28BQ9BUN5 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC28BQ9BUN5 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC28BQ9BUN5 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC28BQ9BUN5 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC28BQ9BUN5 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC28BQ9BUN5 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC28BQ9BUN5 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC28BQ9BUN5 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC28BQ9BUN5 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC28BQ9BUN5 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC28BQ9BUN5 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC28BQ9BUN5 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC28BQ9BUN5 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC28BQ9BUN5 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC28BQ9BUN5 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC28BQ9BUN5 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC28BQ9BUN5 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC28BQ9BUN5 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC28BQ9BUN5 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC28BQ9BUN5 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC28BQ9BUN5 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC28BQ9BUN5 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC28BQ9BUN5 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC28BQ9BUN5 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC28BQ9BUN5 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC28BQ9BUN5 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
CCDC28BQ9BUN5 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms