Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC31.43■■■□□ 2.62
TRERF1Q96PN7 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
TRERF1Q96PN7 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC31.42■■■□□ 2.62
TRERF1Q96PN7 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
TRERF1Q96PN7 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC31.4■■■□□ 2.62
TRERF1Q96PN7 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC31.38■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC31.37■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.37■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC31.35■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC31.35■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC31.33■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
TRERF1Q96PN7 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC31.32■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC31.27■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC31.26■■■□□ 2.6
TRERF1Q96PN7 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC31.26■■■□□ 2.59
TRERF1Q96PN7 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
TRERF1Q96PN7 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.25■■■□□ 2.59
TRERF1Q96PN7 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
TRERF1Q96PN7 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
TRERF1Q96PN7 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC31.23■■■□□ 2.59
TRERF1Q96PN7 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
TRERF1Q96PN7 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.21■■■□□ 2.59
TRERF1Q96PN7 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
TRERF1Q96PN7 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC31.2■■■□□ 2.59
TRERF1Q96PN7 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
TRERF1Q96PN7 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
TRERF1Q96PN7 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC31.18■■■□□ 2.58
TRERF1Q96PN7 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC31.18■■■□□ 2.58
TRERF1Q96PN7 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
TRERF1Q96PN7 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
TRERF1Q96PN7 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
TRERF1Q96PN7 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
TRERF1Q96PN7 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
TRERF1Q96PN7 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
TRERF1Q96PN7 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
TRERF1Q96PN7 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TRERF1Q96PN7 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
TRERF1Q96PN7 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
TRERF1Q96PN7 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
TRERF1Q96PN7 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
TRERF1Q96PN7 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
TRERF1Q96PN7 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
TRERF1Q96PN7 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
TRERF1Q96PN7 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC31.08■■■□□ 2.57
TRERF1Q96PN7 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
TRERF1Q96PN7 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
TRERF1Q96PN7 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TRERF1Q96PN7 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
TRERF1Q96PN7 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC31.05■■■□□ 2.56
TRERF1Q96PN7 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
TRERF1Q96PN7 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
TRERF1Q96PN7 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
TRERF1Q96PN7 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
TRERF1Q96PN7 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC31.03■■■□□ 2.56
TRERF1Q96PN7 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.02■■■□□ 2.56
TRERF1Q96PN7 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.56
TRERF1Q96PN7 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.95■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.55
TRERF1Q96PN7 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC30.94■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC30.93■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC30.93■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC30.92■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms