Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS39Q96JC1 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS39Q96JC1 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS39Q96JC1 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS39Q96JC1 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS39Q96JC1 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS39Q96JC1 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS39Q96JC1 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS39Q96JC1 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS39Q96JC1 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS39Q96JC1 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS39Q96JC1 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS39Q96JC1 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS39Q96JC1 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS39Q96JC1 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS39Q96JC1 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS39Q96JC1 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS39Q96JC1 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS39Q96JC1 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
VPS39Q96JC1 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
VPS39Q96JC1 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VPS39Q96JC1 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS39Q96JC1 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS39Q96JC1 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS39Q96JC1 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS39Q96JC1 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS39Q96JC1 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS39Q96JC1 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS39Q96JC1 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS39Q96JC1 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS39Q96JC1 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
VPS39Q96JC1 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms