Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC54Q8NEL0 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC54Q8NEL0 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CCDC54Q8NEL0 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC54Q8NEL0 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CCDC54Q8NEL0 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC54Q8NEL0 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC54Q8NEL0 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC54Q8NEL0 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC54Q8NEL0 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC54Q8NEL0 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC54Q8NEL0 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC54Q8NEL0 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC54Q8NEL0 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC54Q8NEL0 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC54Q8NEL0 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC54Q8NEL0 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC54Q8NEL0 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC54Q8NEL0 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC54Q8NEL0 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC54Q8NEL0 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC54Q8NEL0 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC54Q8NEL0 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC54Q8NEL0 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC54Q8NEL0 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC54Q8NEL0 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC54Q8NEL0 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC54Q8NEL0 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC54Q8NEL0 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC54Q8NEL0 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC54Q8NEL0 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC54Q8NEL0 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC54Q8NEL0 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC54Q8NEL0 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC54Q8NEL0 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC54Q8NEL0 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.6 ms