Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
USP53Q70EK8 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
USP53Q70EK8 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP53Q70EK8 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
USP53Q70EK8 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
USP53Q70EK8 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
USP53Q70EK8 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP53Q70EK8 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP53Q70EK8 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP53Q70EK8 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
USP53Q70EK8 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP53Q70EK8 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP53Q70EK8 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP53Q70EK8 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP53Q70EK8 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP53Q70EK8 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP53Q70EK8 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP53Q70EK8 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP53Q70EK8 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP53Q70EK8 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
USP53Q70EK8 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP53Q70EK8 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP53Q70EK8 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP53Q70EK8 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP53Q70EK8 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP53Q70EK8 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP53Q70EK8 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
USP53Q70EK8 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP53Q70EK8 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP53Q70EK8 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP53Q70EK8 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP53Q70EK8 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP53Q70EK8 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP53Q70EK8 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP53Q70EK8 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP53Q70EK8 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.6 ms