Protein–RNA interactions for Protein: Q6UVK1

CSPG4, Chondroitin sulfate proteoglycan 4, humanhuman

Predictions only

Length 2,322 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CSPG4Q6UVK1 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CSPG4Q6UVK1 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CSPG4Q6UVK1 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CSPG4Q6UVK1 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CSPG4Q6UVK1 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CSPG4Q6UVK1 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CSPG4Q6UVK1 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CSPG4Q6UVK1 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CSPG4Q6UVK1 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CSPG4Q6UVK1 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CSPG4Q6UVK1 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CSPG4Q6UVK1 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CSPG4Q6UVK1 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CSPG4Q6UVK1 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CSPG4Q6UVK1 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CSPG4Q6UVK1 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CSPG4Q6UVK1 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CSPG4Q6UVK1 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CSPG4Q6UVK1 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CSPG4Q6UVK1 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CSPG4Q6UVK1 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CSPG4Q6UVK1 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CSPG4Q6UVK1 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CSPG4Q6UVK1 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CSPG4Q6UVK1 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CSPG4Q6UVK1 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CSPG4Q6UVK1 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CSPG4Q6UVK1 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CSPG4Q6UVK1 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CSPG4Q6UVK1 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms