RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-216ENST00000617451 NISCHQ9Y2I1 1504 aa62.64■■■■■ 7.62
PTPRF-216ENST00000617451 ABCC9O60706 1549 aa56.27■■■■■ 6.6
PTPRF-216ENST00000617451 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa56.18■■■■■ 6.58
PTPRF-216ENST00000617451 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa53.53■■■■■ 6.16
PTPRF-216ENST00000617451 NACADO15069 1562 aa53.17■■■■■ 6.1
PTPRF-216ENST00000617451 DNAJC5BQ9UF47 199 aa52.9■■■■■ 6.06
PTPRF-216ENST00000617451 DCAF8L2P0C7V8 631 aa52.89■■■■■ 6.06
PTPRF-216ENST00000617451 MYO15BQ96JP2 1530 aa52.45■■■■■ 5.99
PTPRF-216ENST00000617451 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP52.41■■■■■ 5.98
PTPRF-216ENST00000617451 UNC13AQ9UPW8 1703 aa52.26■■■■■ 5.96
PTPRF-216ENST00000617451 BICRAQ9NZM4 1560 aa51.99■■■■■ 5.91
PTPRF-216ENST00000617451 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP51.89■■■■■ 5.9
PTPRF-216ENST00000617451 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa51.74■■■■■ 5.87
PTPRF-216ENST00000617451 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa51.29■■■■■ 5.8
PTPRF-216ENST00000617451 SCRIBQ14160 1630 aa51.18■■■■■ 5.78
PTPRF-216ENST00000617451 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa50.82■■■■■ 5.73
PTPRF-216ENST00000617451 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP50.71■■■■■ 5.71
PTPRF-216ENST00000617451 CECR2Q9BXF3 1484 aa50.71■■■■■ 5.71
PTPRF-216ENST00000617451 NCAPD3P42695 1498 aa49.12■■■■■ 5.45
PTPRF-216ENST00000617451 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa48.94■■■■■ 5.43
PTPRF-216ENST00000617451 SMARCA4P51532 1647 aa48.84■■■■■ 5.41
PTPRF-216ENST00000617451 SMARCA2P51531 1590 aa48.78■■■■■ 5.4
PTPRF-216ENST00000617451 HMGXB3Q12766 1538 aa48.71■■■■■ 5.39
PTPRF-216ENST00000617451 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa48.62■■■■■ 5.37
PTPRF-216ENST00000617451 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP48.6■■■■■ 5.37
PTPRF-216ENST00000617451 ERCC6Q03468 1493 aa48.58■■■■■ 5.37
PTPRF-216ENST00000617451 CUX2O14529 1486 aa48.54■■■■■ 5.36
PTPRF-216ENST00000617451 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP48.44■■■■■ 5.35
PTPRF-216ENST00000617451 PEG3Q9GZU2 1588 aa48.4■■■■■ 5.34
PTPRF-216ENST00000617451 NESP48681 1621 aa48.32■■■■■ 5.33
PTPRF-216ENST00000617451 MROH2BQ7Z745 1585 aa48.26■■■■■ 5.32
PTPRF-216ENST00000617451 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa47.97■■■■■ 5.27
PTPRF-216ENST00000617451 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP47.82■■■■■ 5.25
PTPRF-216ENST00000617451 PDS5BQ9NTI5 1447 aa47.73■■■■■ 5.23
PTPRF-216ENST00000617451 WIZO95785 1651 aa47.64■■■■■ 5.22
PTPRF-216ENST00000617451 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa47.64■■■■■ 5.22
PTPRF-216ENST00000617451 CADPSQ9ULU8 1353 aa47.62■■■■■ 5.21
PTPRF-216ENST00000617451 MRC2Q9UBG0 1479 aa47.3■■■■■ 5.16
PTPRF-216ENST00000617451 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP47.26■■■■■ 5.16
PTPRF-216ENST00000617451 WDR62O43379 1518 aa47.19■■■■■ 5.14
PTPRF-216ENST00000617451 CEP164Q9UPV0 1460 aa47.09■■■■■ 5.13
PTPRF-216ENST00000617451 CFTRP13569 1480 aa47.06■■■■■ 5.12
PTPRF-216ENST00000617451 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP47.05■■■■■ 5.12
PTPRF-216ENST00000617451 FANCD2Q9BXW9 1451 aa47.05■■■■■ 5.12
PTPRF-216ENST00000617451 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP46.67■■■■■ 5.06
PTPRF-216ENST00000617451 CCDC88BA6NC98 1476 aa46.56■■■■■ 5.04
PTPRF-216ENST00000617451 PRDM2Q13029 1718 aa46.48■■■■■ 5.03
PTPRF-216ENST00000617451 TRIM41Q8WV44 630 aa46.41■■■■■ 5.02
PTPRF-216ENST00000617451 OSCARQ8IYS5 282 aa46.34■■■■■ 5.01
PTPRF-216ENST00000617451 IFT140Q96RY7 1462 aa46.17■■■■■ 4.98
PTPRF-216ENST00000617451 TOPBP1Q92547 1522 aa46.15■■■■■ 4.98
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP46.1■■■■■ 4.97
PTPRF-216ENST00000617451 ABCC8Q09428 1581 aa46.06■■■■■ 4.96
PTPRF-216ENST00000617451 DNMBPQ6XZF7 1577 aa45.96■■■■■ 4.95
PTPRF-216ENST00000617451 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP45.8■■■■■ 4.92
PTPRF-216ENST00000617451 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP45.74■■■■■ 4.91
PTPRF-216ENST00000617451 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP45.69■■■■■ 4.911e-6■□□□□ 8.9
PTPRF-216ENST00000617451 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP45.68■■■■■ 4.9
PTPRF-216ENST00000617451 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa45.68■■■■■ 4.9
PTPRF-216ENST00000617451 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa45.68■■■■■ 4.9
PTPRF-216ENST00000617451 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa45.68■■■■■ 4.9
PTPRF-216ENST00000617451 ARHGEF11O15085 1522 aa45.55■■■■■ 4.88
PTPRF-216ENST00000617451 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa45.52■■■■■ 4.88
PTPRF-216ENST00000617451 SOGA1O94964 1423 aa45.49■■■■■ 4.87
PTPRF-216ENST00000617451 CHD1O14646 1710 aa45.45■■■■■ 4.87
PTPRF-216ENST00000617451 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP45.41■■■■■ 4.86
PTPRF-216ENST00000617451 FBLN2P98095 1184 aa45.39■■■■■ 4.86
PTPRF-216ENST00000617451 FGD5Q6ZNL6 1462 aa45.38■■■■■ 4.86
PTPRF-216ENST00000617451 CUX1P39880 1505 aa45.34■■■■■ 4.85
PTPRF-216ENST00000617451 WDR97A6NE52 1622 aa45.27■■■■■ 4.84
PTPRF-216ENST00000617451 CYB5RLQ6IPT4 315 aa45.26■■■■■ 4.84
PTPRF-216ENST00000617451 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa45.2■■■■■ 4.83
PTPRF-216ENST00000617451 ARAP1Q96P48 1450 aa45.11■■■■■ 4.81
PTPRF-216ENST00000617451 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP45.11■■■■■ 4.81
PTPRF-216ENST00000617451 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP45.1■■■■■ 4.81
PTPRF-216ENST00000617451 GRIN2BQ13224 1484 aa45.09■■■■■ 4.81
PTPRF-216ENST00000617451 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP45.07■■■■■ 4.81
PTPRF-216ENST00000617451 CLASP1Q7Z460 1538 aa44.99■■■■■ 4.79
PTPRF-216ENST00000617451 SYNJ2O15056 1496 aa44.95■■■■■ 4.79
PTPRF-216ENST00000617451 SYNJ1O43426 1573 aa44.94■■■■■ 4.78
PTPRF-216ENST00000617451 GAPVD1Q14C86 1478 aa44.92■■■■■ 4.78
PTPRF-216ENST00000617451 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa44.88■■■■■ 4.78
PTPRF-216ENST00000617451 PBRM1Q86U86 1689 aa44.83■■■■■ 4.77
PTPRF-216ENST00000617451 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa44.79■■■■■ 4.76
PTPRF-216ENST00000617451 TRHP20396 242 aaPredicted RBP44.74■■■■■ 4.75
PTPRF-216ENST00000617451 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP44.7■■■■■ 4.752e-8■■■■■ 75.2
PTPRF-216ENST00000617451 TOP2BQ02880 1626 aa44.59■■■■■ 4.73
PTPRF-216ENST00000617451 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa44.57■■■■■ 4.72
PTPRF-216ENST00000617451 GRIN2AQ12879 1464 aa44.51■■■■■ 4.72
PTPRF-216ENST00000617451 ADAMTS12P58397 1594 aa44.44■■■■■ 4.71
PTPRF-216ENST00000617451 NUP160Q12769 1436 aa44.38■■■■■ 4.69
PTPRF-216ENST00000617451 FHAD1B1AJZ9 1412 aa44.36■■■■■ 4.69
PTPRF-216ENST00000617451 CEP170Q5SW79 1584 aa44.33■■■■■ 4.69
PTPRF-216ENST00000617451 ERICH3Q5RHP9 1530 aa44.3■■■■■ 4.68
PTPRF-216ENST00000617451 ERCC6L2Q5T890 1561 aa44.28■■■■■ 4.68
PTPRF-216ENST00000617451 SHROOM2Q13796 1616 aa44.15■■■■■ 4.66
PTPRF-216ENST00000617451 JPH4Q96JJ6 628 aa43.95■■■■■ 4.63
PTPRF-216ENST00000617451 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP43.94■■■■■ 4.62
PTPRF-216ENST00000617451 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa43.82■■■■■ 4.61
PTPRF-216ENST00000617451 IGF1RP08069 1367 aa43.78■■■■■ 4.6
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