Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
LIG4P49917 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
LIG4P49917 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
LIG4P49917 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC29.77■■■□□ 2.36
LIG4P49917 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
LIG4P49917 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
LIG4P49917 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
LIG4P49917 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
LIG4P49917 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIG4P49917 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIG4P49917 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
LIG4P49917 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
LIG4P49917 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
LIG4P49917 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
LIG4P49917 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
LIG4P49917 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
LIG4P49917 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
LIG4P49917 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
LIG4P49917 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
LIG4P49917 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC29.67■■■□□ 2.34
LIG4P49917 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
LIG4P49917 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
LIG4P49917 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
LIG4P49917 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
LIG4P49917 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
LIG4P49917 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
LIG4P49917 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
LIG4P49917 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
LIG4P49917 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
LIG4P49917 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
LIG4P49917 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
LIG4P49917 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
LIG4P49917 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
LIG4P49917 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
LIG4P49917 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
LIG4P49917 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
LIG4P49917 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC29.59■■■□□ 2.33
LIG4P49917 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
LIG4P49917 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
LIG4P49917 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
LIG4P49917 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
LIG4P49917 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
LIG4P49917 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
LIG4P49917 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
LIG4P49917 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
LIG4P49917 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
LIG4P49917 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC29.5■■■□□ 2.31
LIG4P49917 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
LIG4P49917 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
LIG4P49917 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
LIG4P49917 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
LIG4P49917 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
LIG4P49917 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
LIG4P49917 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
LIG4P49917 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
LIG4P49917 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
LIG4P49917 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
LIG4P49917 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
LIG4P49917 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
LIG4P49917 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
LIG4P49917 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
LIG4P49917 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
LIG4P49917 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
LIG4P49917 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
LIG4P49917 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC29.39■■■□□ 2.29
LIG4P49917 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
LIG4P49917 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
LIG4P49917 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
LIG4P49917 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
LIG4P49917 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
LIG4P49917 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG4P49917 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG4P49917 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
LIG4P49917 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
LIG4P49917 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
LIG4P49917 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
LIG4P49917 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
LIG4P49917 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
LIG4P49917 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
LIG4P49917 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
LIG4P49917 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG4P49917 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG4P49917 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
LIG4P49917 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
LIG4P49917 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
LIG4P49917 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
LIG4P49917 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
LIG4P49917 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
LIG4P49917 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
LIG4P49917 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
LIG4P49917 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
LIG4P49917 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
LIG4P49917 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
LIG4P49917 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
LIG4P49917 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
LIG4P49917 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
LIG4P49917 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
LIG4P49917 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29.26■■■□□ 2.27
LIG4P49917 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
LIG4P49917 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms