Protein–RNA interactions for Protein: P02649

APOE, Apolipoprotein E, humanhuman

Predictions only

Length 317 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
APOEP02649 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
APOEP02649 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
APOEP02649 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
APOEP02649 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
APOEP02649 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
APOEP02649 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
APOEP02649 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
APOEP02649 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
APOEP02649 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
APOEP02649 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
APOEP02649 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
APOEP02649 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
APOEP02649 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
APOEP02649 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
APOEP02649 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
APOEP02649 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
APOEP02649 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
APOEP02649 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
APOEP02649 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
APOEP02649 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
APOEP02649 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
APOEP02649 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
APOEP02649 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
APOEP02649 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
APOEP02649 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
APOEP02649 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
APOEP02649 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
APOEP02649 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
APOEP02649 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
APOEP02649 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
APOEP02649 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
APOEP02649 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
APOEP02649 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
APOEP02649 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
APOEP02649 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
APOEP02649 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
APOEP02649 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
APOEP02649 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
APOEP02649 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
APOEP02649 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
APOEP02649 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
APOEP02649 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
APOEP02649 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.17■■■□□ 2.1
APOEP02649 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
APOEP02649 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
APOEP02649 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
APOEP02649 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
APOEP02649 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
APOEP02649 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
APOEP02649 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
APOEP02649 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
APOEP02649 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
APOEP02649 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
APOEP02649 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
APOEP02649 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
APOEP02649 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
APOEP02649 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
APOEP02649 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
APOEP02649 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
APOEP02649 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
APOEP02649 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
APOEP02649 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
APOEP02649 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
APOEP02649 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
APOEP02649 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
APOEP02649 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
APOEP02649 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
APOEP02649 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
APOEP02649 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
APOEP02649 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
APOEP02649 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
APOEP02649 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
APOEP02649 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
APOEP02649 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
APOEP02649 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
APOEP02649 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
APOEP02649 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
APOEP02649 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
APOEP02649 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
APOEP02649 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
APOEP02649 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
APOEP02649 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
APOEP02649 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
APOEP02649 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
APOEP02649 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
APOEP02649 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
APOEP02649 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
APOEP02649 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
APOEP02649 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.87■■■□□ 2.05
APOEP02649 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
APOEP02649 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
APOEP02649 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
APOEP02649 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
APOEP02649 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
APOEP02649 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
APOEP02649 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
APOEP02649 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
APOEP02649 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
APOEP02649 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
APOEP02649 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms