Protein–RNA interactions for Protein: Q8WW32

HMGB4, High mobility group protein B4, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB4Q8WW32 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HMGB4Q8WW32 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HMGB4Q8WW32 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HMGB4Q8WW32 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HMGB4Q8WW32 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
HMGB4Q8WW32 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HMGB4Q8WW32 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HMGB4Q8WW32 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HMGB4Q8WW32 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HMGB4Q8WW32 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HMGB4Q8WW32 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
HMGB4Q8WW32 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
HMGB4Q8WW32 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HMGB4Q8WW32 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
HMGB4Q8WW32 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HMGB4Q8WW32 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HMGB4Q8WW32 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HMGB4Q8WW32 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HMGB4Q8WW32 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
HMGB4Q8WW32 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HMGB4Q8WW32 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HMGB4Q8WW32 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HMGB4Q8WW32 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HMGB4Q8WW32 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
HMGB4Q8WW32 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
HMGB4Q8WW32 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
HMGB4Q8WW32 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
HMGB4Q8WW32 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HMGB4Q8WW32 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
HMGB4Q8WW32 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
HMGB4Q8WW32 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
HMGB4Q8WW32 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HMGB4Q8WW32 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
HMGB4Q8WW32 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
HMGB4Q8WW32 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
HMGB4Q8WW32 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
HMGB4Q8WW32 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
HMGB4Q8WW32 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
HMGB4Q8WW32 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
HMGB4Q8WW32 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
HMGB4Q8WW32 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
HMGB4Q8WW32 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
HMGB4Q8WW32 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
HMGB4Q8WW32 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
HMGB4Q8WW32 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
HMGB4Q8WW32 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
HMGB4Q8WW32 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
HMGB4Q8WW32 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
HMGB4Q8WW32 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
HMGB4Q8WW32 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
HMGB4Q8WW32 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
HMGB4Q8WW32 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
HMGB4Q8WW32 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
HMGB4Q8WW32 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
HMGB4Q8WW32 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
HMGB4Q8WW32 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
HMGB4Q8WW32 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
HMGB4Q8WW32 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
HMGB4Q8WW32 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
HMGB4Q8WW32 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
HMGB4Q8WW32 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
HMGB4Q8WW32 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
HMGB4Q8WW32 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
HMGB4Q8WW32 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
HMGB4Q8WW32 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
HMGB4Q8WW32 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
HMGB4Q8WW32 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
HMGB4Q8WW32 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
HMGB4Q8WW32 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
HMGB4Q8WW32 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
HMGB4Q8WW32 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
HMGB4Q8WW32 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HMGB4Q8WW32 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
HMGB4Q8WW32 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
HMGB4Q8WW32 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
HMGB4Q8WW32 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
HMGB4Q8WW32 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
HMGB4Q8WW32 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HMGB4Q8WW32 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
HMGB4Q8WW32 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
HMGB4Q8WW32 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
HMGB4Q8WW32 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HMGB4Q8WW32 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
HMGB4Q8WW32 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HMGB4Q8WW32 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms