Protein–RNA interactions for Protein: Q8N1M1

BEST3, Bestrophin-3, humanhuman

Predictions only

Length 668 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BEST3Q8N1M1 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BEST3Q8N1M1 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BEST3Q8N1M1 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BEST3Q8N1M1 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
BEST3Q8N1M1 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
BEST3Q8N1M1 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
BEST3Q8N1M1 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
BEST3Q8N1M1 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
BEST3Q8N1M1 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
BEST3Q8N1M1 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
BEST3Q8N1M1 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
BEST3Q8N1M1 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
BEST3Q8N1M1 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
BEST3Q8N1M1 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
BEST3Q8N1M1 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
BEST3Q8N1M1 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
BEST3Q8N1M1 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
BEST3Q8N1M1 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
BEST3Q8N1M1 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
BEST3Q8N1M1 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
BEST3Q8N1M1 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
BEST3Q8N1M1 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
BEST3Q8N1M1 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
BEST3Q8N1M1 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
BEST3Q8N1M1 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
BEST3Q8N1M1 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
BEST3Q8N1M1 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
BEST3Q8N1M1 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
BEST3Q8N1M1 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
BEST3Q8N1M1 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
BEST3Q8N1M1 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
BEST3Q8N1M1 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
BEST3Q8N1M1 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
BEST3Q8N1M1 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
BEST3Q8N1M1 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
BEST3Q8N1M1 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
BEST3Q8N1M1 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
BEST3Q8N1M1 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
BEST3Q8N1M1 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
BEST3Q8N1M1 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BEST3Q8N1M1 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BEST3Q8N1M1 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BEST3Q8N1M1 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
BEST3Q8N1M1 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
BEST3Q8N1M1 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
BEST3Q8N1M1 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
BEST3Q8N1M1 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
BEST3Q8N1M1 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
BEST3Q8N1M1 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
BEST3Q8N1M1 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
BEST3Q8N1M1 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms