Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
SYNE3Q6ZMZ3 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
SYNE3Q6ZMZ3 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
SYNE3Q6ZMZ3 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC32.58■■■□□ 2.81
SYNE3Q6ZMZ3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC32.57■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC32.57■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.55■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.54■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
SYNE3Q6ZMZ3 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
SYNE3Q6ZMZ3 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC32.48■■■□□ 2.79
SYNE3Q6ZMZ3 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
SYNE3Q6ZMZ3 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC32.47■■■□□ 2.79
SYNE3Q6ZMZ3 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.79
SYNE3Q6ZMZ3 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC32.45■■■□□ 2.79
SYNE3Q6ZMZ3 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC32.44■■■□□ 2.78
SYNE3Q6ZMZ3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
SYNE3Q6ZMZ3 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
SYNE3Q6ZMZ3 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.43■■■□□ 2.78
SYNE3Q6ZMZ3 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC32.43■■■□□ 2.78
SYNE3Q6ZMZ3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
SYNE3Q6ZMZ3 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC32.4■■■□□ 2.78
SYNE3Q6ZMZ3 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
SYNE3Q6ZMZ3 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
SYNE3Q6ZMZ3 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC32.36■■■□□ 2.77
SYNE3Q6ZMZ3 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC32.32■■■□□ 2.76
SYNE3Q6ZMZ3 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC32.31■■■□□ 2.76
SYNE3Q6ZMZ3 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
SYNE3Q6ZMZ3 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SYNE3Q6ZMZ3 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SYNE3Q6ZMZ3 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SYNE3Q6ZMZ3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
SYNE3Q6ZMZ3 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
SYNE3Q6ZMZ3 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
SYNE3Q6ZMZ3 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC32.21■■■□□ 2.75
SYNE3Q6ZMZ3 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC32.19■■■□□ 2.74
SYNE3Q6ZMZ3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
SYNE3Q6ZMZ3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
SYNE3Q6ZMZ3 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
SYNE3Q6ZMZ3 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
SYNE3Q6ZMZ3 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
SYNE3Q6ZMZ3 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC32.17■■■□□ 2.74
SYNE3Q6ZMZ3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
SYNE3Q6ZMZ3 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
SYNE3Q6ZMZ3 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC32.14■■■□□ 2.74
SYNE3Q6ZMZ3 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
SYNE3Q6ZMZ3 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC32.12■■■□□ 2.73
SYNE3Q6ZMZ3 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
SYNE3Q6ZMZ3 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
SYNE3Q6ZMZ3 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
SYNE3Q6ZMZ3 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
SYNE3Q6ZMZ3 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
SYNE3Q6ZMZ3 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
SYNE3Q6ZMZ3 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
SYNE3Q6ZMZ3 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
SYNE3Q6ZMZ3 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
SYNE3Q6ZMZ3 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC32.07■■■□□ 2.72
SYNE3Q6ZMZ3 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC32.05■■■□□ 2.72
SYNE3Q6ZMZ3 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
SYNE3Q6ZMZ3 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
SYNE3Q6ZMZ3 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
SYNE3Q6ZMZ3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
SYNE3Q6ZMZ3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
SYNE3Q6ZMZ3 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.72
SYNE3Q6ZMZ3 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
SYNE3Q6ZMZ3 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.71
SYNE3Q6ZMZ3 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC32.01■■■□□ 2.71
SYNE3Q6ZMZ3 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC32■■■□□ 2.71
SYNE3Q6ZMZ3 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC32■■■□□ 2.71
SYNE3Q6ZMZ3 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
SYNE3Q6ZMZ3 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
SYNE3Q6ZMZ3 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
SYNE3Q6ZMZ3 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
SYNE3Q6ZMZ3 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
SYNE3Q6ZMZ3 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC31.97■■■□□ 2.71
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
SYNE3Q6ZMZ3 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
SYNE3Q6ZMZ3 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.91■■■□□ 2.7
SYNE3Q6ZMZ3 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC31.9■■■□□ 2.7
SYNE3Q6ZMZ3 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
SYNE3Q6ZMZ3 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC31.9■■■□□ 2.7
SYNE3Q6ZMZ3 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC31.9■■■□□ 2.7
SYNE3Q6ZMZ3 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
SYNE3Q6ZMZ3 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SYNE3Q6ZMZ3 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SYNE3Q6ZMZ3 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC31.87■■■□□ 2.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.2 ms